الأحمدي ، ثم عيّن مديرا عاما للأزهر والمعاهد الدينية ، فعضوا في مجلس الأزهر الأعلى ، ثم أضيفت إليه وكالة الأزهر فوجّه عنايته إلى إصلاحه ، وتمكن من ترقية شؤونه وإحداث نهضة علمية فيه .
ومن آثاره العلمية والأدبية في الأزهر أنه لما زار المترجم له السلطان حسين كامل الأول سلطان مصر ، قال له السلطان :
( أحقا ما يذاع عن الأزهر والأزهريين : من أن الطلاب والعلماء لا يحسنون كتابة رسالة أدبية على الرغم من أن أدمغتهم محشوة بالعلوم اللغوية ؟ ) .
فنفى المترجم له هذه الإشاعة ، وأراد أن يقيم الدليل على أن الأزهر هو حصن اللغة ، كما أنه حصن للدين ، فأسّس جمعية أدبية تنهض بالأدب والأزهر وتتولّى نشر الثقافة الأدبية ، وقد تألّفت لجنة لتكوين الجمعية ، وكان من أعضائها الشيخ السرتي ، والشيخ مصطفى القاياتي ، والشيخ محمد بخيت ، والشيخ الحملاوي ، والشيخ علي مني ، وغيرهم من هيئة كبار العلماء في عصره ، وتقدم كثير من طلاب الأزهر للانتفاع بتعاليم هذه الجمعية ، وكان من تلاميذها الأستاذ زكي مبارك .
وفي سنة 1916 م ترك الوظائف الإدارية ، وآثر حياة الدراسة والإفادة ، واشتغل بالعلم والتدريس والتأليف ، وأخذ عنه كثيرون من العلماء منهم الشيخ محمد أحمد عليوة ، والسيد عبد اللّه الصديق الغماري ، والشيخ أحمد شاهين السناري .
وكان من رجال التصوّف منتسبا إلى الطريق الخلوتية منذ أخذ العهد عن العارف باللّه سيدي أحمد الشرقاوي .
وكان عفّ اللسان ، كريم الأخلاق ، مهابا في مجلسه ، محترما من نظرائه ، شديد الصلابة في الحق ، لا تلين قناته فيما يعتقده ويراه ، صريح المقال ، يكره المداورة والمصانعة ، عالي الهمة ، لا يرد قاصدا ، ولا ينهر سائلا ، يبذل غاية الجهد في إغاثة الملهوف ومعونة الضعفاء .
وكان من المشتغلين بالعلم والتأليف والعلوم الفلسفية والرياضية .
توفي سنة 1355 ه / 1936 م .
وهو والد صاحب الفضيلة الأستاذ الكبير الشيخ حسنين محمد مخلوف مفتي الديار المصرية ، وأحمد أفندي الطاهر .
مؤلفاته المطبوعة والمخطوطة :
- « إتحاف الورّاد بأشعة الأوراد للسادة الخلوتية » .
- « الحاشية الأولى على شرح المقولات الحكمية » .
- « الحاشية الكبرى على شرح المقولات الحكمية » .
- « الإفاضة القدسية في بيان بعض الاصطلاحات الحكمية » .
- « التصورات الأولية في المقولات الحكمية » .
- « شرح الحديثين » .
- « تعليقات على نخبة الفكر في المصطلح والمساحة » .
- « تعليقات على رسالة العاملي في الحساب والجبر » .
- « رسالة في حكم زكاة الأوراق المالية » .
- « مدخل علم أصول الفقه » .
- « القول الجامع في الكشف عن مقدمة جمع الجوامع » « في الأصول » .
- « شرح المورد الرحماني في التوحيد والتصوف » .
- « الفصول الوفيات في أحكام المعاملات » .
- « شرح نصيحة الذاكرين للعارف باللّه تعالى سيدي أحمد الشرقاوي » .
- « المطالب القدسية في الروح وأنواع تعلقاتها وآثارها الكونية » .
- « لباب الصبوح في سر تحريم الدم المسفوح » .
- « رسالة في إخراج الزكاة طعاما وثبوت هلال رمضان بالتلغراف والاستصباح في المساجد بالشموع والشحوم الواردة من البلاد الأجنبية » .
- « القول المبين في حكم المعاملة بين الأجانب والمسلمين » .
- « الرحلة المهمة في إزاحة الرين عن قلوب الأمة » .
- « القول الوثيق في الرد على أدعياء الطريق » .