عين محمد أفندي في أول عهده بالقضاء العثماني ، قاضيا في يني شهر ، وفي صفر 1092 ه - شباط - آذار 1681 م عين قاضيا في استانبول واستمر حتى 2 محرم 1094 ه - 1 كانون الثاني 1683 م ، حيث تم عزله ، وفي جمادى الأولى 1095 ه - نيسان 1684 م ، حصل على مرتبة " أناضولي باية " ، وفي جمادى الأولى 1099 ه - آذار 1688 م ، عين في منصب قاضي عسكر الروم إيلي ( للمرة الأولى ) وفي جمادى الأولى 1101 ه - شباط 1690 م ، تم عزله من هذا المنصب ، ولكن في ذي القعدة 1104 ه - تموز 1693 م ، أعيد ( للمرة الثانية ) في منصب قاضي عسكر الروم ايلي « 3 » واستمر فيه ، وبعد ذلك تولى المشيخة .
مشيخته : تولى المولى محمد أفندي منصب شيخ الإسلام ومفتي الدولة العثمانية ، لفترتين ( دفعتين ) وبينهما فترة زمنية فاصلة حوالي تسع سنوات ، وكانت مدته في كل فترة من تولى فيها مشيخة الإسلام العثمانية عدة شهور ، وكانت حسب ما يلي :
* المرة الأولى : بعد عزل شيخ الإسلام السابق صادق أفندي ( المرة الأولى ) ، عين محمد أفندي في منصب شيخ الإسلام ومفتي الدولة العثمانية ، وذلك في 4 شعبان 1106 ه - 20 آذار 1695 م ، ولكنه عزل من المشيخة بعد فترة قصيرة ، وذلك في 11 شوال 1106 ه - 25 أيار 1695 م ، وكانت مدة مشيخته ( شهرين و 7 أيام هجرية ) - ( شهرين و 6 أيام ميلادية ) ، وعين مكانه سيد فيض اللّه أفندي ( للمرة الثانية ) . وكانت دفعته في تسلسل شيوخ الإسلام ( 50 ) في عهد السلطان مصطفى الثاني .
* المرة الثانية : بعد عزله من المشيخة في المرة الأولى لم تذكر المصادر أية نشاطات أو مناصب كان يقوم بها محمد أفندي ، ولكن في وسط أحداث أدرنة الرهيبة ، أعيد محمد أفندي إلى منصب شيخ الإسلام ومفتي الدولة العثمانية ، من قبل الجنود الثائرين ، وذلك بعد عزل شيخ الإسلام السابق يكجشم زاده حسين أفندي التي لم تدم مشيخته سوى ثلاثة أيام ، وقد تم تعيين محمد أفندي في اليوم نفسه ، الذي تنازل فيه السلطان مصطفى الثاني ، وكان ذلك في 9 ربيع الأخر 1115 ه - 22 آب 1703 م ، واستمر في منصبه خلال عهد السلطان الجديد أحمد الثالث ، لكنه لم يستمر طويلا حيث تم عزله في 19 رمضان 1115 ه 26 كانون الثاني 1704 م ،
هامش
( 3 ) - خطأ في المعلومات الواردة في السالنامه ، نقلا عن دوحة المشايخ ، حول تولي محمد أفندي منصب قاضي عسكر الروم أيلي ، حددته بسنه 1090 ه - 1679 م ، انظر : علميه سالنامه سى ، ص 49 ، دوحة المشايخ ، ص 78 .