بعد مرور ( 26 شهرا من تعينه ) أي في حوالي شهر جمادى الأولى 1092 ه - أيار 1681 م ، وأخيرا تولى منصب قاضي عسكر الروم أيلي في ذي الحجة 1098 ه - تشرين الأول 1687 م ، ثم نقل بعدها إلى المشيخة .
مشيخته : تولى محمد أفندي منصب شيخ الإسلام ومفتي الدولة العثمانية ، في السنوات الأخيرة من القرن الحادي عشر وأوائل القرن الثاني عشر الهجري ، وكانت الدولة العثمانية تمر بظروف شديدة الصعوبة ، خاصة على الصعيد العسكري في جبهات أوروبة مع القوات الألمانية والقوات الأخرى ، يضاف إلى ذلك ثورة الجنود ضد السلطان محمد الرابع ، الذي تم خلعه ، وغيرها من الأحداث الهامة ، وكان المولى محمد أفندي قد تولى المشيخة مرتين ( دفعتين ) على النحو التالي :
* المرة الأولى : في أعقاب وفاة شيخ الإسلام السابق المولى انقرهوي محمد أمين أفندي ، عين المولى محمد أفندي في منصب شيخ الإسلام ، وذلك في 26 ذي الحجة 1098 ه - 2 تشرين الثاني 1687 م ، ولكنه لم يستمر طويلا في المشيخة ، حيث تم عزله في 10 ربيع الأخر 1099 ه - 13 شباط 1688 م ، مع بداية عهد سلطنة السلطان سليمان الثاني ، واختلفت المصادر في أسباب العزل ، ولكنها تعود في أسبابها إلى الثورة التي قامت في استانبول في ذي الحجة 1098 - محرم 1099 ه - تشرين أول - تشرين الثاني 1687 م ، والتي أدت إلى خلع السلطان محمد الرابع ، وكانت الثورة بقيادة عصبة من ضباط الانكشارية ذوي الرتب الصغيرة ، وقد استغلت هذه العصبة عدم الرضا الذي أظهره سكان استانبول بسبب انتقال السلطان المتكرر إلى أدرنة ، يضاف إلى ذلك سلسلة الهزائم التي لحقت بالجيوش العثمانية على الجبهة الأوروبية ، خاصة في المجر ، وكان الذي رتب ذلك حسب بعض المصادر الصدر الأعظم فاضل مصطفى باشا كوبرولو « 4 » وانتهت الثورة بخلع السلطان محمد الرابع ، وتولي سلطنة الدولة العثمانية السلطان سليمان الثاني « 5 » ، إلا أن مصادر أخرى تقول : بان سبب العزل ، كان من قبل
هامش
( 4 ) - فاضل مصطفى باشا كوبرولو : هو أحد أفراد عائلة " كوبرولو - أو كوبرولو زاده " التي تولى فيها عدد منهم منصب الصدر الأعظم في عهد السلطان محمد الرابع ، وإليهم يعود الفضل في إعادة ترتيب أوضاع الدولة العثمانية بعد الفوضى والضعف الذي فيها ، وهو أحمد بن محمد باشا كوبرولو ، وقد تولى منصب الصدر الأعظم في عهد السلطان سليمان الثاني والسلطان أحمد الثاني ، خلال الفترة ( 1101 - 1102 ه - 1689 - 1691 م ) ، وقد قاد العديد من الحملات العثمانية ضد القوات الألمانية في المجر وقد قتل في معركة سلنكمنSlankamanفي 24 ذي القعدة 1102 ه - 17 آب 1619 م . انظر : تاريخ الدولة العثمانية ، ج 1 ، ص 500 - 564 ، معجم الانساب ، ج 2 ، ص 244 ، 310 ،Basbakanlilk , S ,.
( 5 ) - تاريخ الدولة العثمانية ، ج 1 ، معجم الأنساب ، ج 2 ، ص 244 ، ص 553 - 556 ، علميه سالنامه سى ، ص 489 .