دوحة المشايخ ، يروى لنا ، بأنه في محرم 992 ه - كانون الثاني 1584 م ، توفي أحد أحفاده ويدعى " يعقوب " وحزن عليه حزنا شديدا ، وما لبث المولى معلولزاده أن توفي في 12 محرم 993 ه - 26 كانون الثاني 1585 م « 9 » ، ودفن في استانبول إلى جانب دار القراء ، « 10 » وكان عمره حين وفاته حوالي ( 53 ثلاثة وخمسون ) عاما .
فتوي تعود إلى شيخ الاسلام معلولزاده محمد أفندي ، والتي كانت محفوظة مكتبة يلديز ، والتي نشرت في علمية سالنامه ، وفي بدايتها " اللهم يا ولي العصمة والتوفيق ، نسألك إلى سواء الطريق " وختامها " كتبه الفقير محمد عفى عنه " .
هامش
( 9 ) - دوحة المشايخ من الذيل ، ص 30 .
( 10 ) - لم تحدد المصادر اسم القراء التي دفن إلى جانبها ، ولكن يعتقد بأنها دار القراء التابعة لمدارس الصحن ضمن جامع الفاتح .