مشهد مقدس شد 13 . اما اندكى بعد از ورود به مشهد در جمادى الثانى 1279 ق درگذشت و در راهرو خزانه نزديك دار الحفاظ حرم مطهر به خاك سپرده شد 14 . ميرزا جعفر خان در چند ماهى كه پس از قوام الملك شيرازى به توليت آستان قدس حضرت رضا عليه السّلام مفتخر بود ، در تنظيم امور مهمانسراى حضرت و ترتيب پذيرايى از زوار و خدام سعى بسيار كرد و دارالشفاى حرم مطهر را كه روبهروى در مسجد جامع قرار داشت و فضاى آن ناكافى بود به بالا خيابان منتقل كرد تا در ساختمان جديد جاى زنها و مردها و كسانى كه بيمارى مسرى داشتند جدا باشد . اما مرگ به او مهلت اتمام بناى جديد را نداد و فرزندش ميرزا محمد صادق بنا به وصيت پدر و با استفاده از اموال خاصه شخص ميرزا جعفر خان آن را تكميل كرد 15 .
مشير الدوله فردى كاردان و دانشمند و آگاه به علوم قديم و جديد و تربيت شده افرادى مثل قائممقام اول و پسر او ميرزا ابو القاسم و نيز محمد تقى خان اميركبير بود . او فردى وطنپرست و كوشا در دفاع از منافع ملى ايران بود كه در همه مأموريتهايش در پى حفظ منافع ملى بود و از خيانتپيشگى افرادى همچون ميرزا محمد على خان شيرازى و حاج ميرزا آقاسى مىناليد 16 .
او كتابهاى خود را به فارسى روان مىنگاشت و جداى از رساله سرحديه كه كه رساله دقيقى درباره مرزها است ، 17 كتابى نيز در علم رياضى به نام خلاصة الحساب نوشت كه در سال 1263 ق در تهران به چاپ رسيد 18 . از كتابهاى ديگر او آثار جعفرى در جغرافياى عمومى ايران قابل ذكر است 19 .
شرح
( 1 ) - مهدى بامداد : شرح حال رجال ايران 1 / 241
( 2 ) - مجله يادگار ، كتاب حاجىبابا و داستان نخستين محصلين ايرانى در فرنگ ، سال اول ، شماره 5 ، دىماه 1323 / 40
( 3 ) - بامداد : پيشين 1 / 242
( 4 ) - همانجا
( 5 ) - محمد تقى لسان الملك سپهر : ناسخ التواريخ 1 و 2 / 666 و 781 - 784