تبعيد امام خمينى به دولت هشدار داد و انتخابات دوره بيست و يكم مجلس شوراى ملّى را تحريم كرد و با ارسال نامهاى اعتراضآميز به سازمان ملل متحد ، ماهيت هيئت حاكمه ، تجاوزات و خفقان حاكم بر ايران را تشريح كرد و طى اعلاميه 14 مهر همه را به اعتصاب عمومى فراخواند . رژيم پهلوى كه از حضور بسيار فعال ايشان در تهران به وحشت افتاده بود ، وى را در 15 مهر 1342 تحت الحفظ به مشهد برگرداند .
آية اللّه ميلانى پس از بازگشت به مشهد ، دست از فعاليتهاى سياسى خود نكشيد و رابطهء خود را با مبارزين سياسى تهران و نيز با امام خمينى حفظ كرد ، از جمله مرحوم سپهبد قرنى با ايشان در ارتباط بود . ايشان در جواب مرحوم قرنى كه از امكان موفقيت در براندازى رژيم با ايشان صحبت كرده بود و ضمنا يادآور شده بود كه در جريان اين كار عدهء زيادى كشته خواهند شد و از نظر شرعى كسب تكليف كرده بود ، فرموده بود : « اگر با موفقيت توأم باشد ، اشكالى ندارد » . و براى هماهنگى بيشتر سيّد مرتضى جزايرى يكى از نزديكان خود را تعيين كرده بود كه پس از اندك زمانى منجر به دستگيرى سيّد مرتضى جزايرى و سپهبد قرنى شد ، كه خود داستان ديگرى است .
آية اللّه ميلانى دو روز پس از ورود به مشهد ، با شركت خود در مجلس خطابه شهيد جوانمرد حجة الاسلام و المسلمين سيّد عبد الكريم هاشمىنژاد در محلهء عيدگاه ، موجب تشديد فعاليتهاى دينى و سياسى مردم عليه رژيم پهلوى گرديد و اين منجر به رويداد بيست و سوم مهر 1342 مسجد فيل و شهادت تعدادى از مردم مؤمن مشهد شد .
در جريان كاپيتولاسيون نيز كه در دولت حسنعلى منصور و به منظور تضمين امنيتى براى مستشاران آمريكايى پيشبينىهايى شده بود ، آية اللّه ميلانى با امام خمينى قدس سره همراهى كرد و پس از تبعيد ايشان به تركيه در 13 آبان 1342 در نامهاى به وى نوشت : « خوشا به سعادت آن
مشاهير مدفون در حرم رضوى ( فارسي ) — صفحة 471
مساهمون: غلامرضا جلالى
ص٤٧١