ديگر از مجلس در مقابل محمد عليشاه قاجار ( مخلوع : 1288 خ ) دفاع مىنمود .
هنگامى كه مجلس شوراى ملّى به فرمان محمد عليشاه به توپ بسته شد ( 1287 خ ) ، و قواى مليّون شكست خورده و « بهارستان » از طرف نيروهاى استبداد اشغال شد ، امام جمعهء خوئى و ساير رهبران و زعماى مشروطهخواه به « پارك امين الدوله » پناه بردند ، ولى « محسن خان امين الدوله » كه با شاه نيز نسبت داشت ، مستبدين را خبر كرد و پناهندگان را به آنان تحويل داد . امام جمعه خوئى از جمله كسانى بود كه دستگير شد ولى چون محافظهكار بود و قبلا نيز با شاه رابطه داشت ، با عذرخواهى مرخصش كردند .
پس از فتح تهران توسط مشروطهخواهان ( 23 / تير / 1288 ) ، او مجددا به نمايندگى مجلس شوراى ملّى برگزيده شد و در دور دوّم و سوّم مجلس شركت جست . امام جمعهء خوئى در دعواى احزاب « دموكرات » و « اعتدال » بيشتر به اعتداليها تمايل داشت ، او از دخالت در امور سياسى باك نداشت و آن را مخالف ورع و تقوى نمىدانست ، گواينكه عدهاى از مقدسين متعصب روى اين اصل از او انتقاد مىكردند ، او همچنان به خدمت خلق و مداخله در امور سياسى ادامه مىداد و در عزل و نصب وزراء و زمامداران اظهارنظر مىكرد .
هنگام عقد قرارداد ننگين 1919 « وثوق الدوله » با انگليس ، او يكى از انتقادكنندگان قرارداد مذكور و خانهاش در اختيار مخالفين « وثوق الدوله » بود . بعد از انتشار مفاد قرارداد 1919 ، در جرايد تحريكات شديدى بر ضد « وثوق الدوله » شد و جمعى از دموكراتها و ساير آزادىخواهان كه مركزشان گاهى خانهء امام جمعهء خوئى و گاهى منزل « سيد حسن مدرس » بود شبنامهها و مقالات شديداللحنى بر ضد دولت منتشر ساختند .
پس از كودتاى سوم اسفند 1299 به سركردگى « رضا خان ميرپنج » و « سيد ضياء الدّين طباطبايى » ، نيروهاى كودتاچى براى دستگيرى او در روز چهارم اسفندماه به خانهاش مىريزند ، ولى او موفق مىشود بگريزد و در حرم « حضرت عبد العظيم » بست بنشيند .
حاج ميرزا يحيى سپس در سال 1304 خورشيدى به نمايندگى از طرف مردم « خوى » وارد مجلس مؤسسان مىشود و پس از آن در جشن تاجگذارى رضا شاه جزو آن دسته از علماء بود كه تاج را بر سر او نهادند . عدّهاى اين عمل او را انتقاد كردند ، ولى موافقين وى گفتند كه امام جمعه و علماء چه مىخواستند و چه نمىخواستند رضا شاه ، شاه شده بود و تاج بر سر مىگذاشت منتهى مراتب ، حاج امام جمعه خواسته است منتى از طرف علماء به رضا شاه گذاشته و به وى بفهماند كه با دست علماء ، تاج را بر سر نهاده است . البتّه در اين مورد
زندگينامه رجال و مشاهير ايران ( فارسي ) — صفحة 255
مساهمون: حسن مرسلوند
ص٢٥٥