ومن مصنفاته في أصول الدين وأسرار الشريعة وغيرها :
« حجة اللّه البالغة » في علم أسرار الشريعة ، ولم يتكلم في هذا العلم أحد قبله على هذا الوجه من تأصيل الأصول وتفريع الفروع وتمهيد المقدمات والمبادئ واستنتاج المقاصد .
ومنها « إزالة الخفاء عن خلافة الخلفاء » كتاب عديم النظير في بابه ، لم يؤلف مثله قبله ولا بعده يدل على أن صاحبه لبحر زخار لا يرى له ساحل .
ومنها « قرة العينين في تفضيل الشيخين » بالفارسي .
ومنها « حسن العقيدة » رسالة مختصرة له في العقائد بالعربية .
ومنها « الإنصاف » في بيان أسباب الاختلاف بين الفقهاء والمجتهدين .
ومنها « عقد الجيد في أحكام الاجتهاد والتقليد » .
ومنها « البدور البازغة » في الكلام .
ومنها « المقدمة السنية في انتصار الفرقة السنية » ،
ومن مصنفاته في الحقائق والمعارف والسلوك وغيرها :
المكتوب المدني المرسل إلى إسماعيل بن عبد اللّه الرومي في حقائق التوحيد .
ومنها « ألطاف القدس في لطائف النفس » .
ومنها « القول الجميل في بيان سواء السبيل » في سلوك الطرق الثلاثة المشهورة القادرية والچشتية والنقشبندية .
ومنها « الانتباه في سلاسل أولياء اللّه » كتاب مبسوط في شرح السلاسل المشهورة والغير المشهورة .
ومنها « الهمعات » رسالة نفيسة بالفارسية يحق أن تكتب بمداد النور على خدود الحور وهي في بيان النسبة إلى اللّه .
ومنها « اللمحات » .
ومنها « السطعات » في بعض ما أفاض اللّه على قلبه .