سلطان على ميرزا با جمعى از مخصوصان خود از يكى از دروازههاى شهر بيرون رفت و به اردوى خان اوزبك پيوست .
اما خواجه محمد يحيى چون از فرار سلطان على ميرزا آگاه شد سواره به ميان شهر آمد تا مردم را به مقاومت در برابر خصم و محافظت برج و بارو ترغيب نمايد « 1 » لكن ديگر خيلى دير شده بود و كار از كار گذشته لذا خود نيز تن به قضا داد و به همراه فرزندان خود با ديگر بزرگان و اشراف شهر سمرقند به اردوى خان رفت و تسليم شد و با اين تسليم بساط حكومت يكصد و پنجاهساله حكومت خانواده تيمورى بر ماوراءالنّهر برچيده شد .
محمد خان شيبانى پس از ورود به سمرقند تمامى عهود و مواثيق را زير پا گذاشت و فرمان قتل سلطان على ميرزا و مادرش را صادر كرد و چون از نفوذ خواجه قطب الدين محمد يحيى در ميان طبقات مردم متوهم بود ، دستور داد كه او را تحت نظر بگيرند و اموال و املاك او را و فرزندان و كسان و نزديكان او را كلا مصادره كنند و بعد از چندى نيز اجازه داد كه ظاهرا خواجه بعزم زيارت خانه خدا از ماوراءالنّهر برود و خواجه نيز خود با تمام خانواده و متعلقان و ملازمان بسوى خراسان كوچ كرد ، پس از طى چند منزل راه ، جمعى از سپاهيان اوزبك از پى مىرسند و اين كاروان كوچك را در محلى بنام خواجه كاردزن فرود مىآورند و شبهنگام خواجه محمد يحيى را با دو فرزندش بقتل
هامش
( 1 ) - چنان كه ديديم ( ص 522 ) در چهل و هشت سال پيش در سال 858 خواجه عبيد اللّه احرار مردم سمرقند و فرمانرواى وقت را در برابر هجوم لشكريان ميرزا ابو القاسم بابر به پايدارى و مقاومت تشويق و ترغيب كرد و شهر را از سقوط نجات داد اينك پسر همان خواجه ، همان مردم و فرمانرواى شهر را كه نواده سلطان سابق است در مقابل يورش سپاهيان اوزبك كه بمراتب خطرناكترند به استقامت ترغيب و تشجيع مىنمايد ولى بىنتيجه .