بالا را در محضر استادان بزرگ به پايان رساند ، از ميان آنان سيد العلماء سيد حسين عليين مكان ، استاد خاص وى بود .
قبل از سال 1857 م به قصد سفر به عراق و ايران ، سوار بر ارابه از شهر بيرون آمد و منزل به منزل سفر را ادامه داد تا به هوپال رسيد ، در آنجا در مدرسهاى به تدريس پرداخت و سپس به طرف منزل بعدى حركت كرد . اين سفر ، سفر تحصيل علم و ملاقات با علما و زيارت عتبات عاليات بود و مدت سه سال و نيم به طول انجاميد ، بعدها سه سفر ديگر هم به عراق داشت . در حالى كه به بيمارى فلج مبتلا بود ، آخرين سفر خود را به همراه فرزندش محقق هندى به پايان رساند .
مولانا سيد حسين ، استاد كامل و مدرس معروف معقولات بود و در مدرسهء ايمانيه لكنهو علامه غلام حسنين كنتورى تدريس مىكرد . در ادب ، كلام ، فقه و اصول تبحر داشت ، علاوه بر آن در درس طب و معقولات شهرت داشت . شاگردان وى نيز بسيار معروف شدند .
مدت سى و سه سال به فلج مبتلا بود و در سن هشتادسالگى در روز سهشنبه 12 رمضان 1319 ه ق در لكنهو درگذشت . نواب جعفر عليخان رئيس شمسآباد اين قطعه را براى او سرود :
روز سهشنبه ده و دو بود در ماه صيام * رفت اين كامل مدرس نزد شاه مشرقين
در وفات منطقى لكنهوى جعفر بگو * ماه روزه خلد منزل مولوى سيد حسين
1319 ه ق
آرامگاهش در باغى واقع در ديورهى آقا مير در لكنهو قرار دارد ، من خودم داربست چوبى قبرش را ديده بودم .
مولانا سيد حسين در زهد و ورع ، علم و عمل ، سلمان و ابو ذر زمان بود . تمام علما به او احترام مىگذاشتند . فرزندانش در محضر مولانا درس مىخواندند . علماى بزرگ عراق از عظمت مقام علمى او باخبر بودند چنانكه مولوى محمّد حسين نوگانوى عبارتى چند از اجازهنامههاى مولانا محمد حسين محقق هندى را بدين شرح نقل كرده است .
شيخ زين العابدين مازندرانى الاعلم .
« سيّد العلماء الاعلام ، قدوة الفضلاء الكرام ، ذخر الاواخر و الاوائل البحر بلا ساحل صاحب التصنيف فى المعقول و التأليف فى الاصول ، مولى الموالى سيد حسين » .
آقاى ميرزا حبيب اللّه رشتى الاعلم :
« العالم الربانى و الفاضل الصمدانى و النحرير الذى ليس له ثانى الالمعي اللوذعى جناب