8 - نسخة مكتبة سراى أحمد الثالث
استانبول رقم النسخة 1196 تاريخ النسخ القرن العاشر الهجري تقع المخطوطة في 94 ورقة جاء في أول المخطوطة « كتاب المسائل لفريد دهره ووحيد عصره حنين بن إسحاق الطبيب أحسن اللّه حاله » .
وفي آخر المخطوطة « كتبه من لا قدر له ولا قدر ولا نخل بواديه ولا سدرة أضعف العباد جرما وأقواهم جرما حمد اللّه المعروف بأنى شيخ عفا اللّه عنه » ورد بالنسخة أنها « لرسم خزانة السلطان الأعظم والخاقان المعظم سلطان محمد بن مراد خان خلد اللّه ملكه » .
9 - نسخة مكتبة أبا صوفيا
استانبول رقم النسخة 3324 تاريخ النسخ 898 ه تقع المخطوطة في 30 ورقة بحجم 16 * 24 سم 14 سطرا للصفحة بخط تسخ واضح وهي على طريقة التقسيم والتشجير .
10 - نسخة مكتبة برلين
برلين رقم النسخة 6258 تاريخ النسخ 1047 ه تقع المخطوطة في 18 ورقة بحجم 14 * 21 سم في بعض المواضع ، 10 * 18 سم في مواضع أخرى 24 سطرا للصفحة في بعض المواضع ، 20 سطرا للصفحة في مواضع أخرى اللوحات أحيانا أفقيه وأحيانا رأسية .
ملاحظات النسخ المخطوطة :
ورد اسم الكتاب في بعض النسخ الخطية مختلفا بعض الشئ عنه في النسخ الأخرى ففي المخطوطة « ط » ورد بعنوان « كتاب مسائل حنين بن إسحاق في الطب وزيادات حبيش تلميذه نفع اللّه بها صاحبها » .