المخطوطة وهي اليوم في نمو مطرد ، ويشرف عليها موظفون دائميون ، ويجد فيها زوارها كل التسهيلات الممكنة للتزود من كتبها .
مكتبة البروجردي
هذه المكتبة من تأسيسات الامام الحاج آغا حسين البروجردي ، الذي أسس المدرسة الجديدة المعروفة باسم ( مدرسة البروجردي ) والواقعة خلف السوق الكبير من اليمين عند الخروج من باب الصحن الكبير وقد ألحقت بها هذه المكتبة ليستعين بها طلابها في المراجعة والتتبع ، وأكثر كتبها كأغلب مكتبات المدارس العامة تعنى بالفقه ، والأصول ، وعلم الكلام ، والرجال ، بالإضافة إلى مئات المراجع التاريخية والأدبية وتحتوي اليوم على 8000 مجلد لأمهات الكتب وبينها 200 كتاب من المخطوطات القديمة في التفسير والحديث والفقه ، وعلى كثرة عدد طلاب هذه المدرسة فان هذه المكتبة كافية لاغراضهم العلمية واغراض المراجعين لها من الخارج وقد كمل تأسيس المكتبة كمكتبة تامة في نحو سنة 1378 ه واشتريت لها أخيرا كتب مكتبة النوري وضمت إليها .
مكتبة جامعة النجف
هي المكتبة الملحقة بمدرسة ( جامعة النجف ) ، الواقعة عند مفترق جانب من مكتبة ( جامعة النجف ) التي أسسها الحاج محمد اتفاق