بالرخام ومنقوشة الجدران بالكاشي مساحتها ( 420 ) مترا مربعا ذات طابقين وعدد غرفها ( 36 ) غرفة وطلابها حوالي 60 طالبا ولها سرداب تحت الطبقة الأولى وفيه ثلاثة حمامات ولها مكتبة في الطابق الثاني وعدد كتبها نحو ( 1300 ) كتاب . وقد سميت الوسطى لأنها متوسطة المساحة بين المدرسة الكبرى والصغرى . وهذه المدارس الثلاث للزعيم الملا كاظم الخراساني عمرها وقام بمصاريفها الوزير البخاري ( استان قلي بك ) وزير السلطان البخاري عبد الاحد الذي عمر مدرسة السيد محمد كاظم اليزدي . اما سنة تأسيسها وتعميرها فهي سنة 1326 ه وقد ارخ ذلك الشيخ إبراهيم اطيمش بقوله وهو مكتوب على بابها بالكاشاني :
هذي مدينة علم * وباب سر العوالم
للعلم شيدت فأرخ * ( لمعدن العلم كاظم )
1326
وقد اكتسبت هذه المدرسة شهرة كبيرة بمن سكنها من رجال العلم وبمن خرجت من العلماء والمجتهدين ، وقلما توفرت الشروط الكاملة للطلاب المجدين كما توفرت لطلاب هذه المدرسة . ومن طلابها الذين سكنوها ودرسوا فيها كان الشيخ نصر اللّه الخلخالي القائم اليوم بالانفاق على أكثر المدارس الدينية وطلابها في النجف .
مدرسة السيد كاظم اليزدي
هذه المدرسة من اشهر المدارس في النجف الأشرف عمارة ، وزخرفة ، وفخامة ، تقع في محلة الحويش وفي الشارع الواقع بين شارع الرسول في الشرق وسوق الحويش في الغرب وقد بنيت بناء بديعا وفي هندسة رائعة