الرحلة لم تتم . لأن الشروط التي اشترطها أغضبت السلطان ، فأمر بسفره إلى المدينة .
* وقام الشنقيطي في المدينة باستنساخ عدة كتب منها : أساس البلاغة للزمخشري ، وبعض الدواوين الشعرية ، ويبدو من الكتاب الوحيد المطبوع له وهو « الحماسة السنية الكاملة المزية » أنه كان على صلة وثيقة في بداية أمره ، بعلماء المدينة في تلك الفترة من أمثال عبد الجليل برادة . وإبراهيم الأسكوبي ، كما تثبت مصادر أخرى قيام علاقة علمية بينه وبين الشيخ أمين ابن حسن الحلواني المدني . ولكن الشنقيطي والحلواني لم يستقرا بالمدينة ، فنزحا إلى مصر . ولقد أحضر الشنقيطي مكتبته من المدينة ، وأقبل على المطالعة والإفادة إلى أن توفي بدار سكنه القريبة من الأزهر سنة 1322 ه ومثله الحلواني الذي أحضر مكتبته التي تحتوى على نفائس المخطوطات وفي مختلف الفنون . والتي قامت مؤسسة بريل
E . J . Brill
في ليدن .
Ledien
بشرائها منه لتصبح جزءا من مقتنيات هذه المؤسسة المعروفة باحتوائها على نوادر المخطوطات العربية حتى الوقت الحاضر .