الفلسفة .
5 . الحكمة العرشية على الطريقة العرفانية : طبع مع المشاعر .
6 . أسرار الآيات وأنوار البيّنات في معرفة أسرار آيات اللَّه تعالى وصنائعه وحكمه على الطريقة العرفانية مع تطبيق الآيات القرآنية على أكثر ، بحوثه مرتّبة على مقدّمة وثلاثة أطراف كلّ طرف ذو مشاهد ، الطرف الأوّل في علم الربوبية ، والثاني في أفعاله تعالى ، والثالث في المعاد ، طبعت في إيران مكرراً .
7 . شرح الهداية الأثيرية : طبع عام 1313 ه .
8 . شرح إلهيات الشفاء : نهج فيه منهج المتن ، طبع بالقطع الكبير عام 1303 ه مع إلهيات الشفاء في مجلّد واحد .
9 . رسالة الحدوث : رسالة مبسوطة في مسألة حدوث العالم ، طبع عام 1302 ه .
10 . كتاب مفاتيح الغيب : طبع مع شرح أُصول الكافي .
إلى غير ذلك من الآثار والمؤلّفات إلى أن لقى ربّه في سفره إلى الحجّ ، ودفن في مقابر النجف الأشرف .
يصفه السيد حسين البروجردي في أُرجوزته الرجالية بقوله :
ثمّ ابن إبراهيم صدر الأجلّ * في سفر الحجّ مريضاً ارتحل
قدوة أهل العلم والصفاء * يروي عن الداماد والبهائي