35 - كتاب : ما تفرد به أمير المؤمنين ( عليه السلام ) من الفضائل .
36 - كتاب : الصلاة والتسليم على النبي وأمير المؤمنين ( صلوات اللّه عليهما وآلهما ) .
37 - كتاب : الرسالة في تحقيق الدلالة .
38 - كتاب : الرد على أصحاب الاجتهاد في الأحكام .
39 - كتاب في الإمامة .
40 - كتاب : فساد الاختيار .
41 - رسالة : إلى بعض الرؤساء .
42 - الرد على المثبتة .
43 - كتاب : الراعي والمرعي .
44 - كتاب : الدلائل والمعجزات .
45 - كتاب : ماهية النفس .
46 - كتاب : ميزان العقل .
47 - كتاب : إبان حكم الغيبة .
48 - كتاب : الرد على الإسماعيلية في المعاد .
49 - كتاب : تفسير القرآن ( يقال : أنه لم يتمه ) .
50 - كتاب : في النفس .
قال النجاشي : في الفهرس : هذه جملة الكتب التي أخرجها ابنه محمد ثم قال : وآخر ما صنف : مناهج الاستدلال .
إن مما أورده النجاشي من مؤلفاته تعرف أن المترجم له اليد الطولى في مختلف الفنون ، وبرع فيها منتهى البراعة ، وأتقنها غاية الإتقان .
نسبة الكتاب إليه :
قد عرفت تصريح جماعة من الأعلام بنسبة الكتاب إليه ،