بيزانس كه نخستين جنگجويان صليبى بدان كمك مىكردند از نو موقعيّت يونانيان را در غرب مستحكم كرد و مقرّ سلطنت سلجوقى در نهايت در قونيه تثبيت شد و اين شهر كه در غرب مركز آناطوليا قرار داشت ، پايتخت سلطاننشينى شد كه محاط در خشكى بود .
قلچ ارسلان ، پسر سليمان ، چشم به دياربكر و جزيره دوخته بود ، اما پس از مرگ جانشينان او با بودن سلاجقه بزرگ در مشرق كه از آنجا فاصلهء بسيار داشت ، در آناطوليا تنها ماندند . آنگاه سلجوقيان روم به مملكت ارمنيهء صغير كيليكيا و فرنگان در كنتنشين ادسا ( الرها ) حمله بردند و مسعود اول و قلچ ارسلان دوم از پايگاه خود در قونيه بر امراى دانشمندى كه از رقباى آنها بودند غلبه يافتند ( بنگريد به شماره 108 ) . قلچ ارسلان دوم حملهء بيزانسىها به قونيه را با پيروزى بر يونانيان در 572 / 1176 در ميريوسفالون نزديك درياچه اگريدر
( Egridir )
تلافى نمود و اميد بيزانسيان را براى فتح مجدد آناطوليا نقش بر آب كرد . اما در دوران پيرى ، سلطان اقتدار خود را بر پسرانش از دست داد و قلمرو او قطعهقطعه شد و در 586 / 1190 امپراتور فردريك با باروسا و جنگجويان جنگ صليبى سوم موقتا قونيه را گرفتند .
فتح قسطنطنيه به دست جنگجويان جنگ صليبى چهارم در 1204 به سلجوقيان فرصتى داد كه بار ديگر به استقرار قدرت خويش بپردازند و از صورت يك قدرت صرفا داخلى آناطوليا بيرون آمدند و سلطهء خود را بر سواحل مديترانه گستردند و بندر الانيه يا علائيه را كه به نام علاء الدين كيقباد چنين خوانده مىشد ساختند . با اين بندرگاه و بودن سواحل شمالى در دست تركان مبادلهء تجارى پررونقى ميان مصر و مديترانه شرقى ، از طريق آناطوليا به درياى سياه ، كريمه و سرزمينهاى اردو زرين مغولان ( بنگريد به شمارهء 29 ) ، پس از ح 1225 پديد آمد و روابط بازرگانى با شهرهاى تجارى ايتاليا برقرار شد .
دولت و رونق داخلى سلطنت سلجوقيان روم در اين دههها به نحوى در شكوهمندىهاى معمارى و فرهنگى قونيه و ديگر بخشهاى آناطوليا در اين دوره نمايان است . پس از اين ، دورهء انحطاط با نارضايتىهاى داخلى كه از مشخصهء بارز آن ، شورش يك درويش پرجاذبه به نام بابا اسحق در 638 / 240 بود ، آغاز شد . هنگامى كه مغولان بر آناطولياى شرقى يورش بردند سلجوقيان در كوسه داغ ، واقع در شرق سيواس در 641 / 1243 شكست خوردند . پس از آن ، سلطنت روم ، دولت خراجگزار ايلخانان مغول شد ( بنگريد به شماره 128 ) و از 676 / 1277 حكمرانان مغول خود مستقيما زمام امور را به دست گرفتند . تا سال 702 / 1303 هنوز نام سلجوقيان بر روى سكهها ماند ، اما آنها اقتدار واقعى نداشتند . آخرين سلطانهاى سلجوقى ممكن است در الانيه ( علائيه )