اسحق در اواخر عمر مبتلى به فالج شد و با همان مرض در ايام خلافت المقتدر باللّه در ماه ربيع الاخر سال دويست و نود و هشت در بغداد وفات نمود .
از كلمات او اين است :
« شراب كم دوست روح انسان و زيادش دشمن جسم است » .
اين اشعار از اوست :
انا ابن الذين استودع الطب فيهم * و سمّوا به طفل و كهل و يافع
ببصرنى ارستطاليس بارعا * يقوّم منى منطق لا يدافع
و بقراط فى تفصيل ما اثبت الالى * لنا الضرو الاسقام طب مضارع
و ما زال جالينوس يشفى صدورنا * لما اختلفت فيه علينا الطبايع
و يحيى بن ماسويه و اهرن قبله * لهم كتب للناس فيها منافع
راى انه فى الطب نيلت فلم يكن * لنا راحة من حفظها و اصابع
ترجمه و مفاد ابيات بالا چنين است :
من فرزند كسانى هستم كه طب نزد آنها بوديعه سپرده شده و آنها را در طفوليت و جوانى و كهولت به اين نام مىناميدند ؛
ارسطوطاليس مرا روشن مىكند بقسمى كه در اين فن براعت حاصل كردهام و در من منطقى را كه هيچگاه قابل رد نيست بوجود آورده است ؛
بقراط در تفسير و تشريح آنچه را كه گذشتگان دربارهء دردها و ضررها عنوان كرده بودند ، طب اضافى بما آموخت ؛
جالينوس پيوسته در مورد طبائع مختلف سينههاى ما را روشن كرد ؛
يحيى بن ماسويه و پيش از او اهرن كتابهائى تأليف كردهاند ، كه براى مردم نافع است ؛
او ( يحيى بن ماسويه ) معتقد است كه در طب بدرجهء عالى رسيده و ديگر براى ما كف