اشكال يكم : عدم دلالت حديث
نخستين اشكال علمى كه از جانب مخالفان حديث منزلت وارد شده چنين است :
آنها مىگويند : نمىتوان از اين حديث به طور عموم استفاده كرد كه على عليه السلام در همهء جهات شبيه هارون است و با اين بيان ، مشابهت بين اين دو فقط با يك شباهت نيز تمام و اين حديث صحيح خواهد بود ؛ با اين وجود ما نمىپذيريم كه على عليه السلام در همه مقامات و منازل نسبت به پيامبر اكرم صلى اللَّه عليه وآله به مانند هارون براى موسى باشد .
اشكال دوم : خلافت محدود
دومين اشكال بر حديث اين است كه جانشينى و خلافتى كه اين حديث اثبات مىكند ، خلافتى موقّت و در شرايط خاص و زمان محدودى بوده است ، آن هم زمانى كه پيامبر اكرم صلى اللَّه عليه وآله زنده بوده است ، آن سان كه خلافت هارون براى موسى عليه السلام مربوط به زمانى بوده كه او به مناجات پروردگارش رفته بود .
مؤيّد اين مطلب وقوع مرگ هارون در دوران زندگى حضرت موسى است . بنا بر اين ، كدام خلافت است كه ما بر سر آن نزاع داريم ؟