وفاته :
مات - كما يقول النجاشى - ببغداد سنة 329 ق سنة تناثر النجوم ، و تاريخ وفاته عند الشيخ الطوسى سنة 328 ق و قال السّيد رضى الدين بن طاووس : « و هذا الشيخ محمد بن يعقوب كانت حياته فى زمن وكلاء الامام المهدى عليه السلام - عثمان بن سعيد العمرى ، و ولده أبى جعفر محمد ، و أبى القاسم الحُسين بن روح ، و علىّ بن محمد السمرى و توفى محمد بن يعقوب قبل وفاة علىّ بن محمد السمرىّ ، و لأن علىّ بن محمد السمرىّ توفى فى شعبان سنة 329 ق ، و هذا محمد بن يعقوب الكلينى توفى ببغداد سنة 328 ق .
قبره الشريف :
دفن ثقة الاسلام الكلينى بباب الكوفة بمقبرتها فى الجانب الغربى ، تزوره الخاصّة و العامة ، و صلّى عليه السيد محمد بن جعفر الحسنى معروف بأبى قيراط .
مصادر ترجمته كثيرة منها :
1 . رجال السّيد بحرالعلوم .
2 . مقابس الأنوار : 6 .
3 . لؤلؤة البحرين : 386 .
4 . رياض العلماء : 5 : 199 .
5 . الكنى و الألقاب : 3 : 120 .
6 . أعيان الشيعة : 10 : 99 .
7 . روضات الجنات : 6 : 108 .
8 . رجال الطوسى : 495 .
9 . رجال النجاشى : 377 .
10 . رجال العلامة الحلى : 145 .
11 . جامع الرواة : 2 : 218 .
12 . تنقيح المقال : 2 : 56 باب الميم .