بوده و همگان مقام و منزلت او را مىدانستند و از شخصيت علمى ، و فقهى او آگاه بودند ، از اين رو ورود او به بغداد در ميان جامعه تشيع و محافل علمى و فقهى و راويان و محدثان مقيم بغداد به زودى مشهور شد و دانستند كه كلينى وارد بغداد شده و در اين شهر اقامت گزيده است .
علماء و بزرگان شيعه در بغداد پيرامون او را گرفتند و از وى تحليل و تكريم نمودند ، با اينكه در آن زمان اوائل قرن چهارم شخصيتهاى بزرگى از نظر فقهى و روايتى در بغداد بودند ولى شخصيت كلينى همه آنها را تحت الشعاع قرار داد ، و پس از اندكى مقام نخست را در آن شهر به دست آورد ، به طورى كه او را شيخ اهل حديث در بغداد مىگفتند .
اقامت او در بغداد طول كشيد ، به طورى كه او را بغدادى هم گفتهاند ، او را از اين جهت سلسلى گفتهاند كه در كوچهاى به نام « درب سلسله » زندگى مىكرد ، ظاهراً در مدخل آن كوچه زنجيرى بوده و مردم آن را كوچه زنجير مىگفتهاند ، همانگونه كه در مشهد مقدس بازارى به نام بازار زنجير بود و در تخريب سال 1354 در توسعه فلكه ويران گرديد .
از اينكه كلينى چند سال در بغداد اقامت كرده و در چه سالى به اينجا مهاجرت نموده اطلاع درستى در دست نيست ، او سالها در بغداد مشغول تدريس و تأليف بود و مجلس املاء حديث داشت گروهى در محضر او تربيت شدند و از وى فقه و حديث آموختند و به مذهب اهل بيت عليهم السلام خدمت كردند و منشأ آثارى شدند .
وفات كلينى و محل دفن او
او بعد از سالها اقامت در بغداد كه مدت آن معلوم نيست جهان را وداع گفت و به جوار رحمت حق شتافت ، علماء رجال و تذكرهنويسان از تاريخ فوت و محل دفن او سخن گفتهاند و در اين مورد اختلاف مهمى نيست .
شيخ ابو جعفر طوسى رضى الله عنه در فهرست گويد : محمد بن يعقوب در سال 328 در بغداد درگذشت و در مقبره دروازه كوفه دفن شد ، ابن عبدون گويد : من قبر او را در