علمى شيعه را در رى ترك مىگويد و محل زندگى و خانوادگى خود را رها مىكند ، اقوام و عشيره را كه همه از بزرگان ناحيه رى بودند و مقام و منزلت بزرگى داشتند ترك مىنمايد .
گروهى گفتهاند او براى نوشتن كتاب كافى به بغداد رفت ، در آن زمان جماعتى از بزرگان شيعه و اصحاب ائمه عليهم السلام هنوز در بغداد و كوفه زندگى مىكردهاند ، آنها كتابها و نسخههايى از مؤلفان قديم را در دست داشتهاند ، كلينى براى استفاده از آن نسخهها براى نوشتن كتاب كافى عازم بغداد شده است .
با كمال تأسف شرح حال جامعى از وى در دست نيست ، تنها منبع ترجمه او فهرست شيخ طوسى و رجال نجاشى مىباشند ، آنها هم به اختصار از وى نام بردهاند ، ديگران هم چيزى در دست نداشتهاند تا بياورند ، مرجع همه سخنان و گفتهها به فهرست طوسى و رجال نجاشى مىرسد .
از زندگى خصوصى و خانوادگى او اطلاع درست و مشروحى در دست نيست ، تنها به اين اكتفاء شده كه آنها از محدثان و راويان و وجوه و اعيان ناحيه رى بودهاند ، از تاريخ تولد كلينى رضى الله عنه و آغاز زندگى او و هنگام تحصيل در كلين و رى و از اساتيد و معلمان او در مصادر و منابع چيز نيست و تنها از مشايخ اجازه او نام برده شده است .
نام او براى نخستين بار در فهرست شيخ ابو جعفر طوسى آمده و چند سطرى درباره او و آثارش نوشته شده و بعد وفات او در بغداد و محل قبرش آمده است و بعد هم نجاشى در رجال خود او را عنوان مىكند و بعد از تجليل از وى مختصرى از حالات او را بيان كرده است ، و بعد از آن هر چه هست از آن دو نفر گرفته شده است .
كلينى در بغداد
محمد بن يعقوب كلينى رضى الله عنه رى را به قصد بغداد ترك مىكند ، او براى تأليف كتاب كافى و يا ملاقات با سفيران امام مهدى عليه السلام و يا كارى ديگر كه براى ما معلوم نيست به بغداد مىرود و در آنجا در محله دروازه كوفه در بغداد رحل اقامت مىافكند .
ابوجعفر كلينى قبلًا در ميان جامعه شيعه و محدثان و راويان اهل بيت عليهم السلام معروف