پيش از سال 1300 ق دوباره به عتبات عاليات بازگشت و در سامرا از دروس ميرزاى بزرگ شيرازى كامياب شد . با درگذشت ميرزا به نجف مراجعت فرمود و ملازم ميرزا حسين خليلى شد .
وى به سال 1327 ق در كاظمين درگذشت .
نمونه سروده
در پشت كتاب « معارج الرضوان » مرحوم سيد ابو المكارم زنجانى به خط خودش و در مقام مدح كتاب نوشته است :
يا راقياً مراقي العرفان * وعارجاً معارج الرضوان
وطالباً مسالك التوحيد * في عالم الشهود والإيقان
هذا كتاب ساطع البرهان * يهدي إلى الإسلام والإيمان
فصوله يحكي ربيع الدين * ربيعه أشعّة العرفان
جاء به من قلم الأشراق * كريم أهل البيت عدنان
يا وارداً في مائه الزلال * منه حياة النفس بالإذعان
اشرب هنيئاً في الحياة لم يزل * وعش مريئاً في درى الأكوان
وى همچنين در مدح ميرزا ابو المكارم سروده است :
رباني الدهر في الأسفار حتى * رأيت العيش منطمس السرور
صرفت العمر في لهو ولعب * فياللّه من جهل غرور
وكم أفنيت عمري في الذهول * فلم أدري غبوتاً من دبور
وهذا الدهر قد أردي رجالًا * أسوداً من بني المجد الغيور
فلا واللّه لا تأمن بليل * يريك ببدئه طيب السرور