برخى از شاگردان و مجازان ميرزا رفيعا عبارتند از :
1 . مير محمد اشرف عاملى . وى شرح لمعه را نزد « افضل المحققين و سيد المجتهدين ، رفيع الملة والدين ، ميرزا رفيع الدين محمد نائينى » خوانده است . « 1 »
2 . علامه ملا محمد باقر مجلسى .
3 . شيخ حرّعاملى .
4 . ملا محمد صالح مازندرانى . « 2 »
5 . مولانا عبد الله تونى . « 3 »
6 . سيد عبد الحسين خاتون آبادى . « 4 »
7 . عبد الحسين بن نورالدين محمد اصفهانى . « 5 »
8 . مير محمد اسماعيل خاتون آبادى .
9 . رفيع الدين محمد بن فرج گيلانى ، معروف به ملا رفيعا . « 6 »
10 . مير معصوم بن محمد فصيح بن مير اولياء حسينى قزوينى
كه حواشى استاد بر اصول كافى را در زمان حيات او تدوين كرده است . « 7 »
هامش
( 1 ) . فضائل السادات ص 132 .
( 2 ) . قصص الخاقانى ج 2 ص 52 .
( 3 ) . وقايع السنين والاعوام ص 516 .
( 4 ) . همان ص 530 .
( 5 ) . « تعلّم أكثر ما تعلم من الفاضل العلامة خليفة سلطان وارتحل معه إلي بلدة قم وأقام هناك خمس سنين مشتغلًا بالتعلم عنده وأخذ شطراً وافراً من العلوم من السيد العلامة ميرزا رفيع الدين محمد النائيني وسمع الحديث وأخذه من جدّي العلامة المولي محمد تقي المجلسي واستجاز منه » . رساله مير محمد حسين خاتون آبادى در شرح حال خاندان خود ، مخطوط .
( 6 ) . رياض العلماء ج 7 ص 106 .
( 7 ) . تلمذ في الرياضيات على الملا محمد باقر اليزدي صاحب عيون الحساب وفي الفلسفة والكلام على أستاذه الأجل الميرزا رفيع الدين محمد النائيني . جمع حواشي أستاذه هذا على أصول الكافي . ترجّمه الحرّ في أمل الآمل ( ج 2 ص 307 ) وقال : مولانا محمد معصوم الحسيني القزويني كان من أفاضل المعاصرين عالماً ماهراً في العربية والرياضي والحكمة والأحاديث وله الرسالة الوجيزة في مسائل التوحيد وحواشي على تعليقات الميرزا رفيع النائيني ورسالة في الرياضي . مات فجأة سنة 1092 . . . له تصانيف غير ما ذكر في الأمل منها شرحه لأصول الكافي وعليه تقريظ أستاذه الميرزا رفيع الدين محمد النائيني ومنها شرح الإشارات و شرح الملل والنحل و غير ذلك . و ذكر جملة من أحواله حفيده الحسين بن ابراهيم شيخ بحرالعلوم في خاتمة كتابه معارج الأحكام . طبقات أعلام الشيعة ج 5 ص 573 .