گورستان خاكفرج قم مستقر شدند و تعداد كثيرى از شاگردان ايشان بنا به صلاحديدشان ، اقداماتى در ارتباط به دفن احتمالى جنازههاى طلّاب علوم دينى انجام مىدادند و مرحوم آيتاللّه بروجردى ، ايشان را به عنوان نمايندهء تام الاختيار خود در اين جريان برگزيده بودند .
مرحوم آيتاللّه مجاهدى مىفرمودند ، بيش از دوسوم حوزه نزد من تلمّذ كردهاند ، و شكر خدا به هيچ شهرى نرفتم ، مگر اينكه شاگردان خود را در آنجا به امر تبليغ و يا تدريس مشغول ديدم » .
از ايشان آثار و تأليفاتى به جاى مانده است كه مهمترين آنها :
1 - العقائد و المواعظ و الاخلاق ، در 5 جلد .
2 - الهداية الى رموز الكفاية .
3 - تفسير سورهء حمد .
4 - حاشية على ارشاد القلوب .
5 - نقد اللئالى فى فروع العلم الاجمالى ، تاريخ فراغت از تأليف 1376 ق بود .
ايشان سرانجام پس از يك كسالت ممتد ، در روز چهارشنبه 20 / ربيع الثانى / 1380 مطابق با 20 / مهر 1339 ش در سن 54 سالگى به مرض سرطان خون درگذشتند و به هنگام تشييع جنازهء ايشان از بيمارستان بازرگان تهران ، بازار تهران تعطيل گرديد و با ورود جنازهء ايشان به قم ، كليهء درسها و بحثهاى حوزه به مدّت يك هفته تعطيل شد و مرحوم آيتاللّه بروجردى با وجود كسالت و تب ، بر جنازهء ايشان نماز خواندند و پيام داده بودند كه مىخواهم فرزند ايشان را ببينم . لذا استاد محمّد على مجاهدى به همراه حجة الاسلام و المسلمين آقا سيد محمّد حسين خوئى و تنى چند از بستگان ، در اندرون به خدمت ايشان رسيدند و معظمله آنچنان غمگين و ناراحت بودند كه پس از شروع صحبت ، به گريه افتادند و بر فوت ايشان افسوس خوردند و فرمودند : افسوس ! اسلام از سرمايه مصرف مىكند ! .