وضع ادامه داشت تا اينكه در سال 1371 ق اقشار مختلف مردم همدان از ايشان رسما دعوت كردند ، كه تابستان را در همدان بسر ببرند . وى با توجه به كسالت ديرينه ، اين پيشنهاد را پذيرفتند و روز 22 شوال همان سال ، شهر قم را به مقصد همدان ترك گفت ولى با كمال تأسف در اين شهر در روز جمعه 7 / ذىحجه / 1371 ق مطابق با 7 / شهريور / 1331 ش مبتلا به حملهء قلبى گرديد ، و روح بلندش به ملكوت اعلى پر كشيد . پيكر پاكش با شكوه فراوان به قم منتقل و با تشييعى بىسابقه در كنار مرقد آيتاللّه حائرى ، در مسجد بالاسر حرم حضرت معصومه عليها السّلام مدفون گرديد .
فرزندانش :
1 - سيد محمّد باقر خوانسارى ، او در سال 1340 ق در شهر اراك ديده به جهان گشود .
او پس از آموختن مقدمات ، سطوح را نزد آيات : شيخ عبد الجواد سدهى جبل عاملى ، شيخ حسن فريد گلپايگانى ، سيد احمد خوانسارى و شيخ محمّد على اراكى به پايان برد . و دروس خارج را از محضر آيتاللّه سيد حسين طباطبائى بروجردى ، پدر ارجمند خود و سيد محمّد حجت كوهكمرى تحصيل نمود . در ضمن علوم عقلى را از محضر سيد محمّد حسين تبريزى « علامهء طباطبائى » استفاده كرد .
وى در سال 1373 ق جهت تكميل تحصيلات خود به حوزهء كهن نجف اشرف عزيمت نمود و حدود 14 سال از محضر آيات : سيد جمال الدّين گلپايگانى ، سيد حسين حمّامى ، سيد محسن طباطبائى حكيم ، سيد عبد اللّه شيرازى و سيد ابو القاسم خوئى استفادهء شايان برد .
آنگاه به ايران مراجعت و فعلا در تهران مشغول فعاليت و خدمات اجتماعى مىباشند . از جمله آثار او : 1 - انصاف در امامت ، 2 - دلايل العروة الوثقى ، را مىتوان نام برد .