المحاضرة يستمع لآراء الحاضرين سواء من طلابه أو غيرهم ، وكان يطلب من الخطيب في المناسبات الدينية التركيز على بعض الجوانب المهمة في تاريخ أهل البيت عليهم السّلام ، وقد قال لأحد الخطباء في الحفلة التي أقامها في مولد الإمام الحسين عليه السّلام في الجامعة : أننا لا نريد اليوم قراءة مقتل الحسين لكي نبكي ، فأننا اليوم في مولده الذي يجب أن نفرح به ، وان مثل هذا التوجيه بحاجة إليه في حياتنا الحاضرة .
توفى الحجة الكبير السيد محمد كلانتر في ليلة الجمعة ، من الليلة الأولى من شهر رمضان المبارك عام 1420 ه / 1999 م ، وقد شيع من جامعة النجف الدينية ، ودفن في المقبرة التي أعدها في الجامعة ، وأقيم احتفال تأبيني في الجامعة بمناسبة مرور أربعين يوما على وفاته ، يوم الجمعة ، السابع من شوال 1420 ه ، الموافق للرابع عشر من كانون الثاني 2000 م ، ويقوم ولده العلامة السيد ضياء الدين بإدارة جامعة النجف الأشرف الدينية ، بإدارة ناجحة ، بما يمتاز به من خلق رفيع وهدوء متواضع وشمائل كريمة .
ورثاه الشيخ عبد الجبار الساعدي بقصيدة عنوانها « شقيق الروح » منها « 1 » :
عيوني وأيم الود لما تزل عبرى * وروحي وحق الوجد لما تزل حيرى
وأيم الهوى العذري ما ذقت راحة * فهيهات أسلوا أنكم دوحتي الخضرا
أأنساك هل ينسى المصلي صلاته * وتم له التشخيص في القبلة الغرا
شقيقي وهل بعد الشقيق تقارب * يصح به التعبير في ثورة الذكرى
أناديك والسمار في ليلة الضنا * أناجيك والآهات لم تبق لي فكرا
فو اللّه عيشي بعد شخصك في أسى * وو اللّه عاد الأنس في فقدكم ذعرا
هامش
( 1 ) الساعدي : شقيق الروح ص 4 .