سببا في تنحيته عن منصب شيخ الإسلام « 6 » وعين مكانه في المشيخة ، المولى السيد عبد اللّه أفندي بشمقجيزاده ، وكان مدة مشيخته ( 7 شهور و 23 يوما هجرية ) - ( 7 شهور و 17 يوما ميلادية ) ، وكانت ترتيب دفعته في تسلسل شيوخ الإسلام ( 81 ) في عهد السلطان أحمد الثالث والسلطان محمود الأول .
وفاته : بعد استقالته من المشيخة ، أقام الشيخ محمد أفندي ، في منزله باسكدار ( الطرف الآسيوي من استانبول ) ، دون أن يمارس أي نشاط رسمي ، حتى وفاته في ذي الحجة 1146 ه - أيار 1734 م ، وقد دفن في اسكدار إلى جانب قبر والده المولى مصطفى أفندي في حضيرة قلندر بايزيد وكان الشيخ محمد عفيف تقي ، وكان يختم القرآن الكريم خلال ثلاثة أيام ، ومن أبنائه المولى محمد سعيد أفندي ( شيخ الإسلام رقم 81 ) « 7 »
هامش
( 6 ) - مؤسسة شيخ الإسلام ، ص 50 ، صبحي تاريخي ، ج 1 ، ص 23 .
( 7 ) - صبحي تاريخي ، ج 1 ، ص 65 ،Istanbul'da Gomulu . , S . 71تاريخ جودت ، ج 1 ، ص 95 .