ه - تشرين الأول 1586 م « 7 » ، وفي ربيع الأول 995 ه - شباط 1587 م ، أعيد تعينه لمنصب قاضي عسكر الروم أيلي ( للمرة الثانية ) واستمر فيه حتى تولى المشيخة للمرة الأولى .
مشيخته : تولى محمد أفندي مشيخة الإسلام والفتوى في الدولة العثمانية مرتين أو دفعتين وكان أول شيوخ الاسلام يعزل ويعاد تعينه في منصب شيخ الاسلام ، ثم أصبح هذا الامر شائعا فيما بعد وحسب ما يلي :
* المرة الأولى : عين محمد أفندي في منصب شيخ الاسلام ومفتى الدولة العثمانية في 17 جمادى الأولى 997 ه - 3 نيسان 1589 م ، في أعقاب عزل شيخ الإسلام السابق عبد القادر شيخيي ، بعد أحداث حركة عصيان الانكشارية أو واقعة " بكلر بكي " ، واستمر حتى 27 رجب 1000 ه - 9 أيار 1592 م ، حيث تم عزله ولم تذكر المصادر بسبب العزل ، ولكن مصادر « 8 » أخرى قالت بأنه أحيل على التقاعد مرة أخرى وكانت مدة مشيخته هذه ( 3 سنوات ، 2 شهرين ، 10 أيام هجرية ) - ( 3 سنوات ، وشهر واحد ، 6 أيام ، ميلادية ) ، وتولى المشيخة خلفا له زكريا أفندي ، وكانت دفعته في تسلسل شيوخ الإسلام ( 21 ) في عهد السلطان مراد الثالث .
وبعد عزله من المشيخة في صفر 1001 ه - تشرين . الثاني 1592 م ، أعيد تعينه في منصب قاضي العسكر الروم أيلي ( للمرة الثالثة ) ، ولم يستمر طويلا في هذا المنصب ، حيث أعيد إلى المشيخة في السنة نفسها .
* المرة الثانية : أعيد تعين " محمد أفندي " في منصب شيخ الإسلام ، مرة ثانية ، في أعقاب وفاة شيخ الإسلام السابق زكريا أفندي في 11 شوال 1001 ه - 11 تموز 1593
هامش
( 7 ) - بالنسب لتوليه القضاء في مصر ، فقد تضارب المعلومات التاريخية حول تحديد بداية ونهاية قضاءه ، ففي الرحمانية نجد ما يلي " وفي زمن إبراهيم باشا تولى قضاء الديار المصرية المولى محمد أفندي ابن بستانزاده ، وذلك في أواخر جمادى الأول سنة إحدى وتسعين وتسعمائة ( جمادى الأولى 991 ه - أيار 1583 م ) وإلى أوائل ذي القعدة سنة أربع وتسعين وتسعمائة ( ذي القعدة 994 ه - تشرين الأول 1585 م ) وكانت مدته ثلاث سنوات إلا شهرين ، وفي خلاصة الأثر ، يروي لنا : بأن الشيخ ابن بستان تولى القضاء في مصر ثم ترقى إلى قاضي العسكريين ، ثم ولي القضاء في مصر ثانية - لم تذكر المصادر التاريخية الأخرى هذه المعلومة - ثم كتب إليه السلطان مراد الثالث " بأني لم أعزلك عن مصر فأقم من شئت فيها في مقامك ، ثم جاءنا زائرا فدخل دمشق في رمضان سنة 994 ه - آب 1586 م فاجتمعت به ذا ذاك - صاحب المنح - في صحبة شيخنا ( يريد به العيتاوي ) فيما أحب في مجالس كانت حافلة بالعلماء " انظر : المنح الرحمانية ، ص 239 ، خلاصة الأثر ، ج 4 ، ص 224 .
( 8 ) - تاريخ يمنما ، جلد 1 ، ص 68 - 70 .