عبد اللّه شوشترى تدريس مىكرد و با فيض كاشانى معاصر و همفكر بود . از احترام شاهعباس دوم برخوردار بود و شعبان سال 1068 ه ق شاهعباس طى فرمانى كه در آن مقام علمى محقق را بسيار ستوده ، از وزير مستوفى السلطنه اصفهانى خواسته است تا همهساله از بابت وجوهات و محصولات دار السلطنه در وجه ايشان مقرر دارد .
داشتن مناصب دينى و سياسى و افكار و انديشههاى ويژه و نوگرايانه محقق ، دشمنان فراوانى را براى او رقم زد . شايد به همين دليل محقق از اصفهان به مشهد هجرت كرد و سال 1083 مدرسه سميعيه مشهور به مدرسهء باقريه را از مال واقف آن با سعى مير عبد الحسين تجديد بنا نمود و در آنجا به تدريس مشغول گرديد و تعدادى كتاب و املاك به آن وقف كرد .
ايشان هفتم ربيع الاول 1090 ه ق در مشهد درگذشت و بنا به وصيتش در مدرسه ميرزا جعفر ، كنار قبر شيخ محمّد عاملى و ملّا ميرزا شيروانى و فرزند شيخ دفن شد . فرزندان او مولانا محمّد مهدى و مولانا ميرزا جعفر ، هر دو اهل علم بودند . جواهر سليمانى در شرح كلمات قصار حضرت امير از آثار محمّد مهدى است كه بنام شاه سليمان صفوى در پنج باب تأليف كرده است .
محمد باقر آثار پربهايى را در طول حيات خود آفريد شامل شرح زبدة الاصول شيخ بهايى ، دفع شبهة الاستلزام ، ذخيرة المعاد در شرح ارشاد الاذهان در فقه ، كفاية الاحكام در فقه تحريم الغناء ، روضة الانوار عباسى در آداب ملوك ، حكمت عملى و سياست مدن ، مفاتيح النجاة عباسى به فارسى در ادعيه ، رسالههايى در غنا و نماز آدينه و رسالهء خلافيّه كه رساله عملى اوست و بنام شاهعباس دوم آن را نوشته و به مسائل خلافى فقها هم اشارت كرده ، از شناختهشدهترين آثار ايشان است .
برخى از نسخههاى خطى آثار ايشان در كتابخانه ملك موجود مىباشد .
محقق سبزوارى شعر مىسرود و از رباعيات ايشان است :
مشاهير مدفون در حرم رضوى ( فارسي ) — صفحة 390
مساهمون: غلامرضا جلالى
ص٣٩٠