ابتدا ساكن كربلا شد و در محضر اساتيد بزرگ آن شهر به تحصيل علوم دينى مشغول گرديد سپس به نجف اشرف و بعد به سامرّا هجرت كرد و از حواريين مجدّد بزرگ مرحوم آية اللّه العظمى ميرزا محمد حسن شيرازى شد . بعد از فوت ميرزا به تهران عزيمت كرد ، و در شرق بازار بزرگ تهران در مسجد كوچه حمام گلشن ، كه از زمان مرحوم شيخ اعظم شيخ مرتضى انصارى رحمه اللّه تا به امروز محل اجتماع و فعاليت علماى گلپايگان ساكن در تهران بوده ، به اقامهء نماز جماعت و فعاليتهاى مذهبى پرداخت . بعدها ايشان به مشهد عزيمت نمود و در اين شهر به تدريس و تصدى امور عامه مشغول گرديد و گفته مىشود به دليل اينكه ايشان اعلم علماى مشهد به شمار مىرفت ، مدتى توليت آستان قدس رضوى به معظمله واگذار شد .
علّامه شيخ آقابزرگ تهرانى در كتاب نقباء البشر فى احوال علماء القرن الرابع عشر از ايشان به عنوان مدرس حوزه مشهد ياد كرده است .
ايشان ؛ علاقهء وافرى كه به وقف كتب علميه داشته ، صدها جلد از كتابهاى شخصى خود را بر طلاب علوم دينى وقف كرد ، كه هماكنون برخى از آنها در حوزههاى علميه نجف ، قم ، تهران و مشهد موجود و مورد استفادهء دينپژوهان و محققان است .
نمونهء ذيل قابل ملاحظه مىباشد :
« و بعد فقد وقف هذا الكتاب المسمى بالفصول العالم العامل السيّد محمد باقر گلپايگانى الساكن بمشهد المقدس الرضوىّ على مشرفه ألف تحية و سلام . رابع المحرم سنة اثنتين و ثلاثمائة بعد الالف ( 1302 ) . »
سرانجام پس از عمرى تلاش و خدمت و عرضهء آثارى پربركت در حدود سال 1315 ه . ق به رحمت ايزدى پيوست و در رواق پايين پاى حضرت امام رضا عليه السّلام مدفون گشت .
از ايشان يك پسر و يك دختر باقى ماند ، پسر ايشان مرحوم آية اللّه سيد محمّد جواد مدرّس حسينى از اساتيد حوزه علميه مشهد بوده كه لقب مدرّس
مشاهير مدفون در حرم رضوى ( فارسي ) — صفحة 368
مساهمون: غلامرضا جلالى
ص٣٦٨