بازداشت و به تهران منتقل شد . تا اينكه محمد رضا پهلوى كه روز 16 فروردين 1343 ش در حرم مطهر امام حضرت رضا عليه السّلام حضور يافته بود ، با بازگشت آية اللّه قمى به مشهد موافقت نمود و فرداى آن ايشان آزاد شد و به مشهد بازگشت و بار ديگر به مبارزه خود عليه جنايات رژيم پهلوى ادامه داد . او در جريان تبعيد امام خمينى قدّس سرّه و مسأله كاپيتولاسيون در بيستم آذر 1343 يك اعلاميه و در اعتراض به تبعيد امام به تركيه در بيست و چهارم مهر 1344 اعلاميه ديگرى را منتشر نمود و با اين اقدامات رژيم را محكوم كرد .
در روز 3 فروردين 1346 شيخ موسى قمى پيامى از امام خمينى قدّس سرّه به آية اللّه قمى رسانيد و روز 9 فروردين همين سال آية اللّه قمى در مسجد جامع گوهرشاد عليه رژيم پهلوى سخنرانى كرد و از سوى ساواك ممنوع الخروج شد و فرداى آن روز تحت مراقبت مأموران امنيتى به منظور تبعيد به خاش به زاهدان برده شد .
آية اللّه حاجى آقا حسن قمى به مدت دوازده سال در كرج در تبعيد بود و در جمادى الثانى 1398 / ارديبهشتماه 1357 ش درحالىكه هنوز در تبعيدگاه بود ، با انتشار اعلاميهاى به انتقاد از رژيم شاه پرداخت و روز جمعه 19 شهريور 1357 به مشهد آمد و مورد استقبال دهها هزار نفر قرار گرفت .
ايشان روز جمعه 24 شهريور در منزل خود سخنرانى كرد . او ضمن ستايش از مقاومت مردم و تأكيد بر عقايد و باورهاى آنان ، شعار : خدا ، شاه ، ميهن را شرك دانست . و روز 30 شهريور / 18 شوال 1398 امام خمينى قدّس سرّه با ارسال نامهاى به ايشان ، آزادى از تبعيدگاه طاغوت را تبريك گفت . 2
آية اللّه حاج آقا حسن طباطبايى قمى در روز 21 خرداد 1386 در اولين ساعات صبح در بيمارستان امام رضا عليه السّلام در مشهد ديده از جهان فروبست و پيكر پاك وى روز 22 خرداد از محل بيت آن مرحوم واقع در چهارباغ جنب مدرسه امام صادق عليه السّلام تشييع گرديد و در
مشاهير مدفون در حرم رضوى ( فارسي ) — صفحة 339
مساهمون: غلامرضا جلالى
ص٣٣٩