مؤتمن الملك ، از تاريخ 16 شعبان 1326 قمرى به سمت ممتحن علوم طبيعى مدارس منصوب شد و از 5 جدى 1337 به سمت طبابت صحيّهء بلدى و در همين سال به سمت معلمى شيمى و طبابت مخصوص دار المعلمين انتخاب شد .
در سال 1341 قمرى براى تأسيس مدرسه دواسازى و آزمايش دواسازان مأموريّت يافت و پس از انجام اين كار به تدريس در آن مدرسه پرداخت .
دكتر شيمى تا سال 1313 خورشيدى بهطور متوالى در مدارس دار الفنون ، مدرسهء دواسازى ، دار المعلمين و دار المعلمات تدريس مىكرد . در مهر 1313 خورشيدى بنا به تقاضاى شخصى بازنشسته شد . ولى به درخواست وزارت فرهنگ تا آخر سال 1314 خورشيدى به تدريس در دار المعلمات ادامه داد و پس از آن ، تنها در مطب شخصى به كار پرداخت .
دكتر شيمى به علت اول شدن در امتحانات سال سوم طب دار الفنون ، در سال 1305 قمرى از طرف شاه به دريافت يك قطعه نشان مس و 12 تومان مواجب مفتخر شد . در سال 1313 قمرى با معالجهء چشم يكى از بانوان حرم ، از سوى ناصر الدين شاه به منصب سرهنگى و نشان و حمايل مخصوص و چند سال بعد به منصب سرتيپى و نشان و حمايل مخصوص مفتخر شد . بعدها به علت كوشا بودن در امر تدريس ، از سوى ناصر الدين شاه يك قطعه نشان شير و خورشيد از درجهء چهار را دريافت كرد . در سال 1336 قمرى نشان شير و خورشيد از درجهء دو را گرفت . و در زمان بازنشستگى نشان طلاى درجهء يك دانش به او داده شد .
دكتر محمود شيمى در نيمهشب 8 دى 1333 خورشيدى در تهران درگذشت و در ابن بابويه مدفون شد . اشعار زير كه توسط وى سروده شده ، روى سنگ مزارش حك شده است :
من چشيدم سرد و گرم روزگار * در ضميرم بود عزم و پشتكار
مهربان بودم به بيماران خود * دوستى كردم به همكاران خود
بودهام در كار اندر روز و شب * تا كنم خدمت به فرهنگ و ادب
من نكردم غيبتى از اين و آن * من نيازردم كسى را با زبان
گر خطائى سر زد از من بىخبر * بار الها از گناهم درگذر