او در انواع علوم زمان خود ماهر بوده ، و خصوصا در تدريس شفا مهارتى بسزا داشته است . از حافظهاى قوى برخوردار بوده ، و خطّ نستعليق را خوش مىنوشته است . اين عالم عالىقدر ، در دنيا به قليلى از خوراك و پوشاك اكتفا كرده ، و نظر خود را از ما سوى اللّه قطع نموده بود ؛ لاجرم ، مستجاب الدّعوه بود ، و كراماتى از او به ظهور رسيد . در مقابل سخن حق ، تسليم و صاحب هيبتى عظيم بود . بزرگ و كوچك و شاه و گدا او را احترام مىكردند و صاحبان جلالت و سلطنت ، در تفخيم او دقيقهاى فروگذار نمىكردند . تا جايى كه نادر شاه افشار با آنهمه سطوت و صولتى كه داشت ، و به فضلاء و اعاظم علماى عصر خود اعتنايى نمىكرد ، وى را مورد عنايت خاصّه قرار داده بود ، و فرمان او را امتثال مىكرد ، درحالىكه آن بزرگمرد ، به مقام و عظمت نادر ، بىاعتنا بود ] .
بسيارى از علماء و فضلاء ، از محضر درس او مستفيض شدهاند كه از آن جملهاند :
آقا محمّد بيدآبادى ، ميرزا ابو القاسم مدرّس ، ملّا مهدى نراقى و ملّا محراب گيلانى .
صاحب عنوان در 11 شعبان 1173 ق در اصفهان وفات يافت ، و در تخت فولاد ، نزديك مزار فاضل هندى مدفون گرديد . [ ميرزا عبد النّبى قزوينى در تتميم امل الآمل سال وفات او را 1177 ق ذكر نموده است ، و احتمال اينكه اشتباه ، از كاتب نسخه باشد زياد است . شيخ عبّاس قمى در فوائد الرّضوية و جمعى پنداشتهاند كه ما دو نفر ملّا اسماعيل خواجويى در يكزمان داشتهايم ، يك نفر فقيه ، متوفّى به سال 1173 ، و يك نفر حكيم و فيلسوف ، متوفّى به سال 1177 كه اين ادّعا ناشى از اشتباه راهيافته به كتاب تتميم امل الآمل ، و به كلّى مردود است ] . در تاريخ وفات او [ به حساب ابجد ] گفتهاند :
« نوّر اللّه الجليل مقبرته » * « رفع اللّه فى الجنان منزلته »
دبير ، شاعر اصفهانى در مرثيّهاى كه در حاشيهء سنگ لوح مزار خواجويى نقر گرديده ، مادّه تاريخ وفات او را چنين مىگويد :
بهر تاريخ او دبير نوشت : * « خانهء علم منهدم گرديد »
[ تا اين اواخر ، قبر او به صورت سكويى در وسط قبرستان باقى بود ، تا اينكه شهردارى اصفهان ، بقعهاى بر سر قبر او احداث كرد ] .
تأليفات او را اعمّ از كتاب و رساله ، بيش از يكصد و پنجاه كتاب نوشتهاند كه اغلب به