الشرع الشريف إلى أن توفي صبح الحادي عشر من جمادي الأولى سنة 1340 ه فدفن في مقبرة الحباكة في القطيف وارخ وفاته الشيخ عبد الكريم الممتن الأحسائي بقوله :
بدر سماء الدين لما اختفى * دجا بأفق الحق ديجور
فانبجست عيني دما عندما * أرخته ( غاب لنا نور )
له آثار منها ( أنوار البدرين في تراجم علماء القطيف والأحساء والبحرين ) طبع في سنة 1380 وترجم لنفسه فيه ص 270 و ( النعم السابغة والنقم الدامغة ) في الإمامة ، ناقص أتمه ولده الشيخ حسين ، و ( رياض الأتقياء الورعين في شرح الأربعين ) وخاتمة الأربعين و ( جامعة الأبواب لمن هم للّه خير باب ) منظومة في مواليد المعصومين الأربعة عشر ووفياتهم عليهم السلام ، و ( زواهر الزواجر ) منظومة في الكبائر ، و ( جواهر المنظوم في معرفة المهيمن القيوم ) منظومة في الأصول الخمسة ، و ( جامعة البيان في رجعة صاحب الزمان ) و ( الجوهرة العزيزة في جواب المسألة الوجيزة ) في التوحيد ، و ( الحق الواضح في أحوال العبد الصالح ) أستاذه وأبي زوجته الشيخ احمد آل طعان ، وحواشي على بعض الكتب المتفرقة .
وقد ألف العلامة السيد أبو تراب الخوانساري كتابه ( المسائل البحرانية ) الأولى في جواب مسائل المترجم له ، وألف ( المسائل البحرانية الثانية ) في جواب مسائل ولده الشيخ حسين بن علي ، وكلاهما في النجف عند السيد محمد رضا التبريزي وصي الخوانساري . وولده المذكور الشيخ حسين القديحي من الفضلاء الصلحاء ومن خواص إخواننا ولد في النجف عام 1302 وقرأ على علماء النجف مدة ، وأجيز منا ومن غيرنا ، وله آثار منها ( كنز الدرر ) و ( رياض المدح والرثاء ) و ( نزهة الناظر ) و ( مجمع الفؤاد ) و ( نعم المتجر ) وغيرها ، وقد وفقه اللّه أخيرا لبناء حسينية في بلاده وأسس لها مكتبة عامة زاد اللّه توفيقاته .
وقد توفي في شهر ذي القعدة الحرام سنة 1387 في القديح من اعمال القطيف ودفن بها