هاجر إلى أصفهان ، فأقام بها ثلاث عشرة سنة ، وصنّف فيها « مفاتيح الأصول » .
وله رسالة في حجّية الظن ، وشرح المفاتيح الموسوم ب « نهاية المرام » و « إصلاح العمل » ، و « المناهل » وغيرها .
وقصة جهاده مع الروس مشهورة ، مذكورة في « نجوم السماء » وغيره ، ولما وصل إلى قزوين توفّي بها سنة ( 1242 ه ) وحمل إلى الحائر ، فدفن في مقبرته المشهورة في السوق ( ما بين الحرمين ) .
وكتب في رد الفادري كتابه « المصباح الباهر في نبوة نبينا الطاهر » ، وله أيضاً « عمدة المقال في أحوال الرجال » و « الوسائل إلى النجاة » في أصول الفقه ، فرغ من بعض أجزائه سنة ( 1234 ه ) ، رأيت جملة منها بخط يده في خزائن حفيده المرحوم الحاج الميرزا علي نقي في كربلاء .
وذكر السيد محمد شفيع في « الروضة البهية » من كتبه : الإكمال في تكميل إصلاح العمل ، وكأنّه غير إكمال الإصلاح ، الذي هو ترجمة الإصلاح لتلميذه المولى حسن بن محمد علي اليزدي ، حكى عنه في الروضة : انّي كتبت قريباً من سبعمائة ألف بيت ، وذكر أولاده : السيد حسن ، والسيد حسين ، والسيد جعفر ( المتوفّى ليلة زفافه ) .
وأرّخ وفاته تلميذه الأمير محمد علي الشهرستاني في ليلة السبت ( 24 ع 2 - سنة 1242 ه ) .
طبقات أعلام الشيعة — صفحة 425
مساهمون: آقا بزرگ الطهراني
ص٤٢٥