السيد محمد الهندي ، كما ذكره السيد محمد الهندي في ترجمة السيد علي بن هاشم من كتابه « نظم اللآلي » ، قال أستاذي الثقة الضابط التقي الورع العلّامة الشيخ محسن بن خنفر ، وذكر كيفية درسه وأخلاقه وتاريخ وفاته كما مرّ ، وقال : إنّه وحيد زمانه في فنّ الرجال إن لم يكن كذلك في غيره أيضاً من سائر العلوم المشهورة ، إلى قوله : وحكيت له كرامات عجيبة ، وشاهدت منه بعضها .
وممن رثاه السيد محمد بن مال اللَّه الخطي القطيفي الحائري ( المتوفّى سنة 1271 ه ) :
أبا جعفرٍ أوحشتَ أنس المدارس * وعطّلتَ منها كلّ حال ودارس
وتمامه في ديوان المراثي للسيد محمد المذكور .
ومرّ ولده الشيخ جعفر الذي كنّي والده باسمه في هذا البيت .
ورأيت « الصراط المستقيم » للبياضي بقلم الشيخ حسن خنفر بن الشيخ جعفر ، فرغ منه حدود سنة ( 1180 ه ) .
وترجمه في « الروضة البهية » ، وسيدنا في التكملة ، وتنسب إليه كرامات ، منها ما حدثني به تلميذه الشيخ محمد طه في قضية الخبز الذي أحضر في مجلس [ الوليمة ] ، فامتنع الشيخ من أكله ، وقال إن خابزته حائض ، وتبيّن صدق إخباره بعد السؤال عن الخابزة ، قال شيخنا الشيخ محمدطه إني كنت حاضراً في ذلك المجلس ، وشاهدت القضية .