والحديث ، وانتقل إلى كربلاء سنة ( 1314 ه . ق ) بصحبة أستاذه السيّد الصدر ولازمه عدّة سنين ، ثمّ قطن النجف الأشرف ، فاتّصل بالفقيه الشهير محمّد كاظم الخراساني المتوفّى سنة ( 1329 ه . ق ) ، وآزره في مهمّاته الدينيّة والسياسيّة ، واستقلّ بعد وفاة الخراساني بالبحث والتدريس ، فأبدى مقدرة وكفاءة عالية .
وذاع صيته بعد وفاة المرجعين الكبيرين : الميرزا محمّد تقي الشيرازي ( 1338 ه . ق ) وشيخ الشريعة الإصفهاني ( 1339 ه . ق ) ، واتجهت أنظار المقلّدين إليه وإلى السيّد أبو الحسن الإصفهاني ( 1339 ه . ق ) ، حتّى استقامت لهما الرئاسة الدينيّة في العراق ، بل انحصرت فيهما .
وكان الميرزا محمّد حسين النائيني متضلّعا في الأدب الفارسي والعربي ، ذا قدم راسخة في الحكمة والفلسفة ، ماهرا في أصول الفقه محقّقا فيه ، وله فيه آراء مبتكرة .
أساتذته ، منهم :
1 - محمّد تقي المعروف بآقا نجفي .
2 - السيّد محمّد الفشاركي الإصفهاني .
3 - السيّد إسماعيل بن صدر الدين الصدر .
4 - الميرزا حسين النوري .
تلامذته ، منهم :
1 - السيّد محسن الحكيم .
2 - السيّد محمود الشاهرودي .
3 - السيّد أبو القاسم الخوئي .
4 - الميرزا باقر الزنجاني .