6 - تولى مشيخة التصوف بتربة برقوق نائب أهل الشام .
7 - انتقل إلى مشيخة الخانقاه البيبرسية سنة 1486 م وانقطع بذلك عن التدريس والإفتاء والإملاء .
8 - ثار ضده الصوفية عندما قطع عنهم جعيلتهم وحوكم ، ولذلك عزل ، فاعتكف في منزله .
وفاته :
كانت وفاته ، رحمه اللّه ، في سحر ليلة الجمعة 19 من جمادى الأولى سنة 911 ه في منزله بروضة المقياس ، إثر مرض لم يطل به ، فأصيب بورم شديد في ذراعه الأيسر ، ودفن في حوش قوصون خارج باب القرافة .
وقد اهتمت والدته بقبره ، فأقامت عليه بناء يحوطه ويصونه ، وأصبح ضريحه بعد ذلك مقصودا بالزيارة والتبرك .
وقد حقق تيمور باشا قبره فقال : « لقد بحثت عن المقبرة التي دفن فيها السيوطي ، حتى اهتديت إليها ، فإذا بها قبة ضخمة ، أرضها تعلو عن الأرض يصعد إليها بدرج ، وقد درست القبور بها ما عدا قبر السيوطي ، وهو في زاوية منها » .