وبما أنّ العلوم الجديدة الباحثة عن الطبيعة وأحكامها قد قطعت أشواطا كبيرة ، وأبطلت كثيرا من الفروض العلمية في الفلكيات والأكوان ، فأصبح ما يبحث في الكتب الكلامية والفلسفية في هذا القسم تاريخا للعلم الطبيعي لا نفسه ، ولأجل ذلك تركت دراسة المحور الثاني في الكتب الكلامية والفلسفية في أعصارنا .
فلم يبق إلّا المحور الثالث الموسوم بالإلهيات بالمعنى الأخص الذي يبحث فيه عن ذاته سبحانه وصفاته وأفعاله ، ولأجل ذلك عكف المحصلون على دراسة هذا المحور الذي يتضمن البحث عن إثبات الصانع وصفاته وأفعاله ، ويدخل في البحث عن صفاته : البحث عن عدله ، كما يدخل في البحث عن أفعاله : البحث عن النبوة والإمامة والمعاد .
وقد طبع الكتاب غير مرّة أحسنها طبعة مؤسسة النشر الإسلامي التابعة لجماعة المدرسين في قم المقدسة ، ولنا تعليقات على قسم الإلهيات أفرزناها من سائر المباحث ، وطبع على حدة ، وصار مادة دراسية في مؤسسة الإمام الصادق عليه السّلام للبحوث والدراسات العليا .
10 . معارج الفهم في شرح النظم
وهي رسالة معدة لبيان أصول الدين وقد صرح به في كتابه « خلاصة الأقوال » وفي أجوبة المسائل المهنائية ونسخته الخطية متوفرة في المكتبة الرضوية ومكتبة السيد المرعشي وغيرهما .
11 . مقصد الواصلين في أصول الدين
واسمه حاك عن معناه ، ولكن لم نقف على نسخة منه ، وجاء اسمه في « خلاصة الأقوال » وأجوبة المسائل المهنائية وعبّر عنه في إجازات البحار بمعتقد الواصلين .