هر قدر على بن ابيطالب ايشانرا پند داد و ببيعت خود خواند زيربار نرفتند حتى گفتند چون تو به حكم مخلوق رضا داده و از فرمان حق بيرون رفتهاى كافرى فقط اگر قبول توبه كنى و بار ديگر مسلمان شوى در اطاعت او خواهيم ماند عاقبت چون خوارج دست بقتل و آزار مسلمين گذاشتند و فتنهء بزرگى برپا كردند حضرت امير با اينكه عازم جنگ جديدى با معاويه بود دفع خوارج را واجبتر ديد و به سمت بصره كه مركز اجتماع خوارج بود حركت كرد و در محلّ نهروان در سال 39 جمع كثيرى از ايشانرا كشت و به ظاهر فتنهء خوارج خوابيد ليكن بقية السّيف اين طايفه دست از عقايد تند خود برنداشتند و فرق عظيمى از ميان ايشان برخاست كه سالها در بلاد اسلام مخصوصا در سواحل خليج فارس و بحر عمان و حدود شرقى افريقا فتنهها برپا كردند و براى خود سلطنت و امارت تشكيل دادند .
از تاريخ ظهور فرقهء خوارج و غصب خلافت بتوسط معاويه تشتت رأيى كه سابقا بين مسلمين در باب امامت موجود ( يعنى رياست بر مسلمين در امور دين و دنيا بنيابت از حضرت رسول ) بود شدت يافت .
شيعه چنان كه گفتيم امامت را حق كسى ميدانستند كه اولا معصوم باشد ، ثانيا از طرف سلف خود بنصّ جلى و خفى تعيين شود ثالثا افضل مردم باشد . طرفداران خلفاى راشدين و معاويه ميگفتند هركس را مردم به اين عنوان اختيار كردند و در بيعت او اجماع نمودند او خليفه و امام است به همين جهت اين فرقه را اهل جماعت و سنّت ميگويند . خوارج عقيده داشتند كه هركس ميتواند بمقام امامت اختيار شود چه عرب قرشى باشد چه سياه حبشى و در اين مورد فرقى بين مولى و سيد نيست فقط امام بايد عادل باشد و همين كه از طريق صواب و عدل منحرف شد قتل او واجب است . ظهور فرقهء بزرگ معتزله و طايفهء اسماعيليه از فرق شيعه باعث ايجاد اختلافات ديگرى در خصوص مسئلهء امامت شد و نفاق مسلمين را در اين باب زيادتر كرد .
قتل حضرت على در رمضان سال 40
مشهور چنين است كه پس از واقعهء نهروان سه تن از خوارج براى نجات عالم اسلام از فتنه بعقيدهء خود توطئه كردند كه