در اين مرتبه از دستگيرى ، از ايشان بهسختى بازجويى و سؤال شد ؛ از جمله اينكه :
1 . چرا وقتى امام خمينى از نجف بيرون رانده شد و قرار بود به طرف كويت حركت كند ، تنها شما به بدرقهء ايشان رفتيد ؟ اين حركت شما تأييد امام خمينى و ايستادن در مقابل حكومت بود .
2 . هدف شما از طرح مباحث « الاسلام يقود الحياة » - كه در آن به بررسى قانون اساسى جمهورى اسلامى ايران پرداختيد - چه بود ؟
3 . هدف شما از تعيين فردى ( سيّد محمود هاشمى ) به عنوان رابط ميان خود و امام خمينى چه بود ؟
استاد شهيد مىفرمايد هر جور مىخواهيد اين موضوع را تفسير كنيد . مسئول ادارهء امنيت گويد : ما مىدانيم كه هدف شما همكارى و هماهنگى با امام خمينى است .
ايشان مىفرمايند : فرض كنيد چنين باشد .
4 . چرا تنها شما ، بر خلاف ديگر علما ، نامهها و تلگرافهايى خطاب به امام خمينى و ملّت ايران ارسال كردهايد ؟ مگر اينجا حزب بعث نيست كه بايد تكليف را روشن كند ؟
سرانجام هنگامى كه تلگراف امام خمينى به عنوان استاد شهيد مخابره مىشود ، عمق ارتباط ميان اين دو شخصيت بزرگ آشكار مىشود .
امام خمينى در اين تلگراف مىفرمايند : خبر رسيده است كه شما عازم بر ترك عراق هستيد . من نگران اين امر هستم و مصلحت نمىبينم شما نجف را - كه مركز علوم اسلامى است - ترك كنيد .
انعكاس وسيع پيام امام در بين ملت عراق تحوّل جديدى را به وجود آورد . مردم به سوى نجف سرازير شدند و به طور بىسابقهاى به راه افتادند تا وفادارى خود را به استاد شهيد اعلام كنند و خواستار ماندن ايشان در عراق باشند .
اين حركت از چند نظر قابل توجه بود :
1 . گستردگى آنكه بسيارى از استانها را شامل مىشد . از نجف ، كربلا ،