محمد حسن الشيرازي وهاجر معه إلى سامراء ، ولكنه توقّف قليلا ورجع إلى النجف ، وانتهت إليه رئاسة الإمامية إلى أن توفي فجأة بعد صلاة الفجر يوم الثلاثاء العشرين من ذي الحجة الحرام 1329 ه بين الطلوعين بعد صلاة الفجر فجأة ، وقد هيأ جميع أسباب حركته في ذلك اليوم إلى أطراف إيران للدفاع ، ولكن الله يفعل ما يشاء ، ولا أعلم بيوم أمرّ على المسلمين من يوم وفاته ، ولا حدث في العالم انقلاب أعظم ولا أوحش مما وقع فيه ، فرأيت الناس ذاهلة عقولهم في أيام العزاء والنياحة مثل أيّام عاشوراء ، ودفن ليلة الأربعاء ، وقيل في تاريخ وفاته :
للَّه رزء عمّت نوافذه
فلم يكن قلب مسلم سالم
يفقد أقصى الرجا مؤرخة
( في فقد باب الحوائج الكاظم )
وقد أجازني في العشرين من جمادى الثانية 1329 ه . وهو يروي عن العلامة السيد مهدي القزويني بن الحسن بن أحمد الحلي النجفي المتوفى 1300 ه بإجازة مبسوطة كتبها له » .
ذكر شيخنا العلامة طرقه بالرواية في مفتتح ضياء المفازات .
من آثاره :
1 - حاشية فرائد الأصول :
طبع طبعة حجرية على خط أحمد الكرماني سنة 1315 ه ، وبالاوفسيت عليها مكتبة بصيرتي في قم بدون تاريخ .
2 - فوائد الأصول :
طبع طبعة حجرية على خط عبد الوهاب المشهدي ، سنة 1315 ه .
3 - القطرات والشذرات :
وهي مجموعة رسائل فقهية في الوقف والرضاع وغيرهما ، طبعت مع اللمعات