عقد لابنه إلى التقاء علي بن عيسى بن ماهان وطاهر بن الحسين وقتل علي بن عيسى بن ماهان سنه خمس وتسعين ومائه ، سنه وثلاثة اشهر وتسعه وعشرون يوما قال : وقتل المخلوع ليله الأحد لخمس بقين من المحرم ، قال : فكانت ولايته مع الفتنة أربع سنين وسبعه اشهر وثلاثة أيام .
ولما قتل محمد ووصل خبره إلى المأمون في خريطة من طاهر يوم الثلاثاء لاثنتي عشره ليله خلت من صفر سنه ثمان وتسعين ومائه اظهر المأمون الخبر ، واذن للقواد فدخلوا عليه وقام الفضل بن سهل فقرا الكتاب بالخبر ، فهنىء بالظفر ، ودعوا الله له وورد الكتاب من المأمون بعد قتل محمد على طاهر وهرثمة بخلع القاسم بن هارون ، فاظهرا ذلك ، ووجها كتبهما به ، وقرئ الكتاب بخلعه يوم الجمعة لليلتين بقيتا من شهر ربيع الأول سنه سبع وتسعين ومائه ، وكان عمر محمد كله - فيما بلغني - ثمانيا وعشرين سنه وكان سبطا انزع ابيض صغير العينين اقنى ، جميلا ، عظيم الكراديس ، بعيد ما بين المنكبين وكان مولده بالرصافة .
وذكر ان طاهرا قال حين قتله :
قتلت الخليفة في داره * وانهبت بالسيف أمواله
وقال أيضا :
ملكت الناس قسرا واقتدارا * وقتلت الجبابرة الكبارا
ووجهت الخلافة نحو مرو * إلى المأمون تبتدر ابتدارا .