چندى كه وجاهتى شايان در آنجا بهم رسانيد در سنه 1294 ببهانهء اينكه ببعضى از ديهات مىرود از اصفهان بيرون شده و بعراق عرب رفت ، و در آن ايام چون ميرزاى شيرازى بسامره هجرت كرده بود وى نيز در آنجا اقامت نمود ، و از ميرزا محمد همدانى ( 1303 ) چنانكه در « الذريعة 5 ش 575 » نوشته اجازت روايت درست كرد ، و ضمنا در سنه 1300 بمشهد رفت و تا سال وفات ميرزا بسامره بود ، و بعد از فوت او مرجع تقليد فرقه شيعه شده ، و در سنه 1314 بكربلا هجرت كرد و آنجا را وطن خود قرار داد و رياستى مهم و مرجعيتى تمام در تدريس و تقليد و أحكام بهم رسانيد ، و مانند اغلب اين خانواده نام او را اضافه بلقب پدرش نموده او را حاجى سيد اسماعيل صدر يا بطور كلى آقاى صدر گفتند .
و او برخى از رسالههاى عمليه مستقله تأليف كرد و هم حواشى بر بعضى از رسائل ديگران نوشت . و در اواخر عمر خود از كربلا بكاظمين رفت و آنجا در دوشنبه هيجدهم ماه جمادى - الاولى سنه 1338 هزار و سيصد و سى و هشت ، چنانكه در « الذريعة 9 ش 277 » بدون روز هفته فرموده - مطابق 20 دلو ماه برجى - وفات كرد ، و در رواق شرقى در طرف برابر حجرهء ابن قولويه بفاصلهء يك حجره مدفون شد . و خبر وفات او پس از چند روز در اصفهان بما رسيد و ترديدى در آن نداريم ، پس اينكه در « اعيان الشيعة » مرددا در 1338 و 37 نوشته بىمورد است .
و او دختر پسر عمش سيد محمد هادى 36 مذكور در ( 1235 ج 3 ش 494 ) را بزوجيت داشته ، و چهار نفر پسر و يك دختر از او بازماند :
اول آقا سيد محمد مهدى 37 كه در ( 1296 ) بيايد .
دويم حاج سيد صدر الدّين 37 كه در ( 1299 ) بيايد .
سيم سيد محمد جواد 37 كه از اهل علم است و در سنه 1301 - مطابق « اعيان جزء 6 جلد 7 : 126 » متولد شده و در سنه 1363 وفات كرده و مانند دو برادر ديگر خود سيد محمد مهدى و سيد حيدر در نزد پدر خود دفن است .
چهارم سيد حيدر 37 كه در ( 1309 ) بيايد .
و ديگر زهرا 37 كه زن شيخ عبد الرضا از علماى نجف و از اولاد شيخ محمد حسن آل يسن است .
و شيخ مرتضى آل يسن اين اشعار را كه ماده تاريخش از فرزند صاحب عنوان سيد
مكارم الآثار در احوال رجال دوره قاجار ( فارسى ) — صفحة 1566
مساهمون: ميرزا محمد على ( معلم حبيب آبادى )
ص١٥٦٦