اين دبيرخانه در مشهد داير شده و داراى دو بخش اجرائى و پژوهشى است كه زير نظر رئيس بنياد پژوهشهاى قرآنى حوزه و دانشگاه و به عنوان دبير ستاد عالى همايش ملى فعاليّت مىنمايد .
3 . كميسيونهاى تخصّصى :
در راستاى تحقق اهداف سند همايش تاكنون كميسيونهاى تخصّصى متعدّدى در سراسر كشور براساس گروههاى نهگانهء همايش و با حضور اعضاء هيئت علمى دانشگاهها و اساتيد حوزهء علميه و قرآنپژوهان تشكيل گرديده است .
4 . هيأت علمى همايش
هيأت علمى همايش براساس بند 20 سند همايش ملى متشكل از رؤساى كميسيونهاى تخصّصى و مديران گروههاى علمى بنياد مىباشد كه فعاليّتهاى علمى همايش را ساماندهى مىنمايند .
مديران گروههاى علمى بنياد و اعضاى هيأت علمى اولين همايش ملّى پژوهشهاى قرآنى حوزه و دانشگاه به قرار ذيل مىباشند :
حجت الاسلام مهندس محسن عباسنژاد : رئيس بنياد و دبير همايش ملّى
دكتر سيد نعمت اللّه تقوى بهبهانى : دبير علمى همايش و مدير گروه قرآن ، ادب و هنر
حجت الاسلام دكتر حميد فغفور مغربى : معاونت پژوهشى بنياد و مدير گروه قرآن ، كلام و فلسفه
دكتر عليرضا اشرف : مدير گروه قرآن و علوم طبيعى
دكتر حبيب اللّه دعائى : مدير گروه قرآن ، مديريت و علوم سياسى
حجت الاسلام و المسلمين محمد حسن ربانى : عضو هيئت علمى همايش
دكتر مجتبى زاهديان : مدير گروه قرآن و حقوق
دكتر بهرام على قنبرى : مدير گروه قرآن ، روانشناسى و علوم تربيتى
دكتر محمد رضا لطفعلىپور : مدير گروه قرآن و اقتصاد
دكتر سيد مجتبى موسوى : مدير گروه قرآن و طب
دكتر على يوسفى : مدير گروه قرآن و جامعهشناسى