بخش سوّم : آثار قلمى حكيم مؤسّس 60
1 - آثار آقا على به گزارش خود و ديگران 60
2 - آثار منتشر شدهء حكيم الهى 61
3 - آثار بجا مانده از آقا على به خط خود وى 63
4 - ديگر مخطوطات آثار آقا على مدرس 64
5 - آثار مفقودهء آقا على 65
6 - آثارى كه انتسابشان به آقا على احراز نشد 67
7 - دسته بندى آثار حكيم مؤسس 69
8 - منابع آثار آقا على 76
9 - شيوهء نگارش مدرس طهرانى 78
10 - ادبيات آقا على 79
بخش چهارم : مجموعه مصنفات حكيم مؤسس 79
1 - چرا آقا على مدرس طهرانى ؟ 80
2 - گسترهء تحقيق 81
3 - محدوديتهاى تحقيق 82
4 - نحوهء تقسيم آثار آقا على در مجلّدات مجموعه مصنفات 83
5 - كارهاى انجام گرفته در مجموعهء مصنفات حكيم مؤسس 84
مقدّمهء جلد اوّل
1 - اسفار صدر المتألهين 89
2 - حواشى و تعليقات اسفار 90
3 - مقايسهء حواشى اسفار حكيم سبزوارى و تعليقات اسفار حكيم طهرانى 93
4 - معرفى تعليقات الاسفار حكيم مؤسس 96
5 - مشخصات نسخ خطى تعليقات اسفار آقا على 98
6 - آيا اين تعليقات همهء تعليقات آقا على بر اسفار است ؟ 108
7 - كارهاى انجام گرفته در تعليقات الاسفار حكيم مؤسس 110
8 - دسته بندى تعليقات حكيم مؤسس بر اسفار 113