عهده‌دار منصب امامت شد و مدّت امامتش حدود شش سال بود . تصريحات امام هادى عليه السلام نسبت به امامت فرزندش در كتاب‌هاى تاريخ و حديث شيعه ذكر شده است ، به‌عنوان نمونه على بن عمر نوفلى مىگويد : در محضر ابوالحسن عليه السلام بودم كه فرزندش محمّد « 1 » بر ما گذر كرد . عرض كردم : فدايت شوم ! آيا اين پيشواى ما پس از شما است ؟ فرمود : نه ، پيشواى شما پس از من فرزندم حسن است . « 2 » وصيت و تنصيص امام هادى عليه السلام درباره امام عسكرى عليه السلام و شايستگىهاى فردى آن گرامى - كه از نظر شيعيان نشانه صحّت امامت امام بعدى است - موجب شد همه شيعيان - جز شمارى اندك - امامت آن حضرت را بپذيرند . بنابر نقل سعد بن عبداللّه ، جز عده‌اى كه به امامت محمد بن على گرويدند و شمار اندكى كه جعفر بن على را امام خود دانستند ، ياران امام هادى عليه السلام به امامت حضرت عسكرى گردن نهادند .

پيشواى يازدهم در مدت امامت خود با سه نفر از خلفاى عباسى معاصر بود : معتز ، مهتدى ( هر كدام حدود يك سال ) و معتمد ( چهار سال و اندى ) . دوران زمامدارى سه خليفه ياد شده دوران اوج سلطهء تركان بود . خلفا در اين دوره نه تنها ميدان‌دار نبودند ، بلكه اسير و بازيچه دست تركان بودند . كشته شدن دو تن از سران ترك به دستور معتز ، خشم تركان را عليه دستگاه خلافت برانگيخت و آنان را مصمم به قتل خليفه كرد . سرانجام در سال 255 بر او شوريده و به قتلش رساندند . « 3 » مهتدى ، پسر واثق كه بازيچه دست موسى بن بغا بود و در مقابل كارهاى او جز دست برداشتن به دعا و اعلام بيزارى چاره‌اى نداشت ، « 4 » براى جلب افكار عمومى ، روشى