ايشان نيز به شهادت كتابهاى نيم سوخته موجود نابود گرديده ، و لكن باز هم متجاوز از 30 اثر از ايشان برجاى مانده كه فهرست آن بر اساس زحمات وتلاشهاى محققين ارجمند وپركار اين مؤسسه به شرح ذيل مىباشد .
تأليفات آقا محمد جعفر :
1 - الانسان الكامل فى الاخلاق .
2 - انيس الطلّاب ( 3 جلد ) .
3 - انيس العوام ( 3 جلد ) .
4 - تحفة الابرار « تاريخ » ( 3 جلد ) .
5 - التحفة الجعفرية « كلام » .
6 - التذكرة فى شرح التبصرة « فقه » ( 4 جلد ) .
7 - التكملة فى شرح التبصرة « فقه » ( 10 جلد ) .
8 - الجواهر البهيّة فى ترجمة الاحكام الالهيّة .
9 - حاشيه بر وافية الاصول .
10 - حاشيه شرح باب حادى عشر . 11 - حاشية على شرح العميدى « التهذيب » .
12 - حاشيهء مراح الارواح .
13 - حاشيهء معالم الاصول .