عاد السيد المقدّس إلي أصفهان واشتغل بإقامة الجماعة والوعظ والتدريس والتحقيق والتأليف ، وكان له مكتبة حافلة يشتغل فيها دائماً بالمطالعة والتأليف .
وكان وكيلًا من قبل آية الله السيد حسين البروجردي في أصفهان .
هاجر في أواخر عمره الشريف إلي قم وسكنها قرب عشر سنين ، مشغولًا بالتدريس والتأليف وإعانة الطلاب والمحصلين ، واستفاد من درس الفقيه البروجردي أيضاً .
كان عالماً متتبّعاً مكثراً ، وقد بقي منه آثار كثيرة ، منها :
1 . كتاب الأوائل ، طبع بتصحيح العلامة السيد محمّد علي الروضاتي .
2 . رسالة في صلاة الجمعة .
3 . كتاب الأواخر .
. كتاب العظيم في تفسير 17 آية من القرآن الكريم المشتملة علي كلمة عظيم .
5 . كتاب الخوف والرجاء .
6 . مواعظ لقمان .
دوّن هذه الثلاثة الأخيرة الشيخ محمّد باقر الملبوبي بعد وفاة المؤلّف ، وطبع الأخير .
وكتب في أيام التحصيل تقريرات بحث المحقّق النائيني في الصوم ، وبحث الآقا ضياء الدين العراقي في الرضاع ومنجّزات المريض .
توفى السيد المقدّس ظهر يوم الخميس 11 ربيع الأولي 1378 ودفن بعد تشييع عظيم في تخت فولاد أصفهان ، وبنى بقعة على قبره .
قال الميرزا حبيب الله النير في وفاته :
حكم الإله يجري في كلّ من تنفّس * والموت للبرايا ثوب الرحيل ألبس
قد مات آية الله محبوبنا محمّد * في القدس راح روحاً دارالفخار أسّس
من طاف بيت ربّه ، ذوالمجد والمعالي * بل في بيان علمه ، نطق اللسان أخرس
يا نير انتقص من ذا أربعاّ وأرّخ : * « الخلد صار مأوي للسيد المقدّس »